南京市第二醫院(南京中醫藥大學附屬南京醫院，徐州醫科大學南京第二臨床學院，東南大學附屬第二醫院)，同時掛牌南京市腫瘤醫院、南京市老年病醫院。是江蘇省傳染病緊急醫學救援基地，艾滋病、結核病定點收治醫療單位。
占地面積480畝，總建筑面積10.9萬平方米，設置床位900張，現開放床位500張。是以消化道與呼吸道、接觸性與非接觸性等病種專科特色精細診療為主、綜合診療為輔，集防治、救援、應急為一體的，全市重大公共衛生事件應急救治中心。設有感染病科、結核科、肝病科、綜合內外科、重癥醫學科、一期臨床研究中心，麻醉科、醫學影像科（含介入室）、腔鏡室（支氣管鏡室、胃腸鏡室）等臨床醫技科室。
醫院有國家臨床重點專科1個，省重點學科、專科7個，市重點專科4個，國家中醫藥管理局重點研究室1個。其中感染性疾病科為國家級臨床重點專科，感染性疾病學為江蘇省醫學重點學科。傳染科、腫瘤科、婦產科、普通外科、肝病科、結核科為江蘇省省級臨床重點專科，中西醫結合科為江蘇省示范中醫科，腸道及其他傳染病科、檢驗科、醫學影像科、重癥醫學科為南京市臨床重點專科，中心實驗室為南京市醫學重點實驗室。