獲得性免疫缺陷綜合征的病理變化呈多樣性、非特異性。主要表現有機會性感染引起的病變，淋巴結病變及中樞神經系統病變。

(1)機會性感染和腫瘤：由于嚴重免疫缺陷而表現出的多種機會性病原體反復重疊感染，組織中病原體繁殖多而炎性反應少。常見有皮膚單純皰疹、帶狀皰疹和真菌感染以及口腔白念珠菌感染等所致的皮膚黏膜病變，肺孢子蟲感染引起的卡氏肺孢子蟲肺炎，巨細胞病毒感染引起的潰瘍性結腸炎病變，分枝桿菌屬感染引起的肺結核病變，等等。由于嚴重免疫缺陷，可有卡波齊肉瘤、淋巴瘤或其他全身惡性腫瘤發生。這些機會性感染和腫瘤均可表現為相應的組織病理改變。

(2)淋巴結病變：包括反應性病變和腫瘤性病變。①反應性病變：早期多為濾泡增生性淋巴結腫大，主要是淋巴結生發中心發生淋巴濾泡增生、增大、融合。然后是彌漫性淋巴細胞增生，濾泡生發中心模糊不清，大量淋巴細胞浸潤，從而成為混有淋巴細胞的免疫母細胞巢。繼之為淋巴結纖維性變，正常結構消失，代之以纖維水腫或纖維變，含有漿細胞、免疫母細胞性組織細胞、少量淋巴細胞。②腫瘤性病變：包括卡波齊肉瘤及其他淋巴瘤，意味著病情已發展至獲得性免疫缺陷綜合征階段。

(3)中樞神經系統病變：HIV常侵犯中樞神經系統，病理變化主要為膠質細胞增生，灶狀壞死，血管周圍炎性浸潤，合胞體形成及脫髓鞘現象等。