在孩子患小兒腹瀉時，家長們在觀測孩子的額病情較為嚴重時，會將孩子送往醫院進行就診。雖然小兒腹瀉的檢查方法大同小異，都是根據小兒糞便的性狀進行前期簡單分析，然后做各項常規檢查，進行細致了解進行診斷。但是根據家長們的居住地區不同，這些醫院也會有所差別。

比如地方性診所對孩子的病因檢查可能會較為簡單。而大型公立醫院擁有較多高科技測量儀器，則會更加精確地對孩子的病情進行分析和診斷。

各類醫院當中，有條件的單位應進行細菌、病毒及寄生蟲等病原學檢查。大便鏡檢有較多白細胞者可做大便細菌培養;疑為病毒性腸炎者可取急性期(發病3天以內) 大便濾液或離心上清液染色后用電鏡或免疫電鏡檢查;還可用免疫學的方法(如ELISA，固相放射免疫法等)檢測糞便中病毒抗原，血清中特異性抗體。

病毒RNA凝膠電泳，可直接從糞便中提取RNA，按特征性RNA圖譜進行輪狀病毒電泳分型，有長型和短型之分。各種病原腸道感染患者的血清學檢查雖對臨床幫助不大，但對流行病學調查和回顧性診斷頗有意義。病原明確后可按病原學進行診斷，如致病性大腸桿菌腸炎、空腸彎曲菌腸炎、輪狀病毒腸炎等。

經過高科技儀器檢測出的數據大多為醫生們作出診斷提供方便。不過也有一些檢測數據對臨床上的幫助并不大，其主要是針對病學調查和回顧性診斷意義重大。因此家長們在帶孩子檢查時，也要盡量檢驗全面。