正常子宮內膜生長在子宮腔內，如果這種子宮內膜組織生長在盆腔的其他部位，就形成子宮內膜異位癥。子宮內膜異位癥的發病機制，解釋很多，其中以“經血倒流，內膜種植”的學說最具說服力，根據這一理論，在某些婦女中，行經期脫落的子宮內膜逆流到輸卵管，經過繖端，逸入盆腔，就地種植，繼續生長，就形成了子宮內膜異位病灶。這種異位內膜病灶在卵巢激素的周期性刺激下，同樣可以發生增殖，分泌以及行經第一系列變化，而所產生的經血卻沒有一個排泄的出路，聚集起來成為大小不同的結節。這類結節的好發部位為卵巢，其次是子宮直腸窩以及盆腔的漿膜面。其中，發生在卵巢的子宮內膜異位癥，可以生長到較大的體積，直徑自數厘米以至10余厘米不等，通常稱為子宮內膜異位癥，可以生長到較大的體積，直徑自數厘米以至10余厘米不等，通常稱為子宮內膜異位囊腫。由于囊腫內含陳舊性的深褐色的粘稠性經血，看起來很像巧克力醬，故又叫做“巧克力”囊腫。這種巧克力囊腫的壁，質地松脆，在月經周期后半和行經期，由于局部充血和出血，囊內壓力升高，可以造成囊壁破裂囊腫內所含之陳舊經血，通過破口，流入腹腔，刺激腹膜，引起急性腹痛。