主要依靠臨床醫生對這類新型急腹癥的認識。如患者有痛經或明確的子宮內膜異位癥之歷史，則更應嚴重考慮本病的診斷。盆檢不滿意時，通過B超聲檢查可對探出宮旁腫塊。陰道后穹窿或腹腔穿刺對診斷幫助很大。從巧克力囊腫的破口中流出的陳舊性經血，經腹腔液稀釋，成為一種稀薄褐色的液體。如穿刺時獲得這種液體，則診斷即可明確了。