肺膿腫常因病人醉酒，中樞神經系統疾病，全身麻醉或過量使用鎮靜劑，意識不清時從上氣道吸入感染物而致。病原微生物多為厭氧菌。肺膿腫與牙周疾病有關，后者常有大量厭氧菌存在。由肺膿腫培養得到的病原菌有普通化膿菌和鼻咽部菌叢，特別是厭氧菌，其次是需氧菌或真菌。在吸煙的老年人中，支氣管癌偶可成為引起肺膿腫的基礎病因。空洞性肺結核不應認為是肺膿腫，但應在鑒別診斷中考慮到。

克雷白肺炎桿菌，金黃色葡萄球菌，以色列放線菌，β-溶血性鏈球菌，miueri鏈球菌(以及其他需氧或微嗜氧鏈球菌)，軍團菌或流感嗜血桿菌引起的肺炎有時合并膿腫形成。免疫缺陷者的肺膿腫，常因諾卡菌，隱球菌，曲菌，藻菌，非典型分枝桿菌(主要為鳥胞內分枝桿菌或堪薩斯分枝桿菌)或革蘭氏陰性桿菌引起。酵母菌病，組織胞漿菌病和球孢子菌病也可致急，慢性肺膿腫，對居住在特殊地區而有非腐敗性膿腫的病人，應懷疑有上述疾病的可能。肺膿腫其他原因包括膿毒性肺栓塞，肺梗死繼發感染和肝臟阿米巴性或細菌性肝膿腫穿過膈肌直接擴散至肺下葉。

單個肺膿腫最多見。多發膿腫常為雙側性，可同時發生或由一個病灶擴散所致。吸入引起的膿腫，最常見于下葉的背段和上葉的后段。繼發于支氣管阻塞或感染性栓子的孤立膿腫，在開始時所受累的支氣管肺段大部分壞死。肺段底部常靠近胸壁，該部位的胸膜腔因炎癥粘連而消失。血源性播散大多由靜脈濫用藥物導致金黃色葡萄球菌性三尖瓣心內膜炎而引起，以非相鄰部位的多發性病灶為特點。由需氧或厭氧菌引起的化膿性血栓性靜脈炎也可導致栓塞性肺膿腫。

整理膿腫內含物被咳出，使空洞充滿液體和空氣。偶爾，膿腫破潰至胸膜腔，引起膿胸，有時伴支氣管胸膜瘺。同樣，較大膿腫破潰至支氣管或試圖快速引流時，可致膿液廣泛支氣管播散伴彌漫性肺炎和成人呼吸窘迫綜合征。