在北京設有內科的公立醫院中，中國醫學科學院北京協和醫院是醫療資源豐富的知名醫院。
北京協和醫院是集醫療、教學、科研于一體的現代化綜合三級甲等醫院，是國家衛生健康委指定的全國疑難重癥診治指導中心，最早承擔干部保健和外賓醫療任務的醫院之一，也是高等醫學教育和住院醫師規范化培訓國家級示范基地，臨床醫學研究和技術創新的國家級核心基地。以學科齊全、技術力量雄厚、特色專科突出、多學科綜合優勢強大享譽海內外。在國家三級公立醫院績效考核中兩次排名第一，在復旦大學醫院管理研究所公布的“中國醫院排行榜”中連續十二年名列榜首。
協和醫院心內科具有悠久的歷史。早在中華人民共和國成立初期，由黃宛教授和方圻教授組建了協和醫院內科心組，率先在國內開展了心血管專科的臨床和研究工作。
消化內科是北京協和醫院成立最早的專科之一，由我國現代內科學泰斗張孝騫教授和著名消化病專家陳敏章教授親自領導和培育起來。經歷了幾代人的艱辛努力，消化內科已發展成為在國內外均很有影響的重點學科。消化內科的亞專業齊全、人才濟濟、臨床和實驗室技術實力雄厚，是一個高水平的消化病學、內鏡學以及疑難重癥的診治中心。科內設有高水平的、面向全國的炎癥性腸病和胰腺疾病診治中心、消化內鏡培訓中心以及胃腸功能和動力疾病診治中心。
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