南京鼓樓醫院男科創建于1998年，1999年建立男科檢查實驗室，2012年10月成為獨立的學科。鼓樓醫院男科目前是全國西醫三甲醫院中最早有獨立建制的男科之一，已經成為集男科醫療、教學、科研為一體的專業、正規的男科疾病醫學中心。目前男科學科是南京大學和南京醫科大學博士點和碩士點。科室整體實力雄厚，技術特色鮮明，形成了以男性前列腺疾病、男性生殖系統腫瘤、男性性功能障礙、男性不育、陰莖陰囊和精索精囊疾病的特色診治技術，年門診量6萬多人次，年手術量1500多臺。男科學診治范圍涵蓋了男性生殖系統疾病的診斷治療，包括前列腺、精囊腺、睪丸、附睪、陰莖、包皮、輸精管等男性特定器官。
勃起功能障礙的個體化診療：通過系統的勃起功能障礙病因學檢查，明確致病原因， 采用PDE5抑制劑、雄激素、ARB類、降糖降脂類等藥物的多劑量多組合治療方案，結合陰莖手術治療等多種治療方案，從源頭上治愈勃起功能障礙。勃起功能障礙的診治策略獲得江蘇省醫學科技獎一等獎。前列腺疾病：前列腺是男性附性腺器官，前列腺炎、前列腺增生、前列腺癌等疾病的系統的藥物治療、熱療、微創治療是男科特色技術。