在上海設有男科的公立醫院中，上海交通大學醫學院附屬仁濟醫院是知名三甲醫院。
上海市男科學研究所的工作始于20世紀60年代，是我國最早開展男科工作的臨床機構之一。經過幾代專家教授的共同努力，于2001年12月由上海市衛生局正式批準成立上海市男科學研究所，同年批準設立了SFDA藥物臨床研究基地；2007年成為上海仁濟醫院第三期特色學科（專業）；2008年起正式成為教育部211工程建設重點學科（泌尿男科）；2012年獲得衛生部重點專科在建（男科是重點建設的兩個方向之一）。
男科疾病臨床診療規范化程度位居國內領先水平，2012年負責編寫《中華醫學會男性不育診療指南（2013版）》，尤其是無精子癥規范化診療流程，受到國際同行的關注。其他診療特色包括男性勃起功能障礙的早期診治、早泄的規范化診療、不射精癥的特色治療、陰莖發育異常（包莖、隱匿陰莖、陰莖彎曲等）、中老年男性激素分泌異常、前列腺疾病、青春期發育遲滯、夫妻性健康教育、青少年生殖健康指導等。
每周一至周五全天開設普通門診，另有專家門診及特需門診。常規開展包括顯微取精術、顯微外科精索靜脈結扎術、顯微外科輸精管道重建術、精囊鏡探查術、包皮整形術、陰莖假體植入術以及尿道下裂修復等在內的所有男科手術。
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