注意手術治療的同時還應進行藥物治療，術前應進行兩周以上的抗結核治療，術后仍應持續用藥一年半到兩年。治療后的五年中，也應反復化驗尿液、做結核菌的培養檢查，一旦培養又發生陽性反應，便要立即恢復治療。手術方法有以下幾種：

(1)腎切除術：雖然患病的腎臟破壞嚴重，但對側腎臟仍正常，就可考慮完全切除病腎。如果雙側腎都出現結核病，但一側破壞嚴重，甚至已經完全沒有功能，而另一側腎臟病變較輕，結核藥物治療后，也可以考慮切除嚴重病腎。如一側腎結核，另一側腎臟積水，應先引流腎積水，保護腎功能，之后再考慮切除無功能的病腎。

(2)保留腎組織的腎結核手術：如果結核病變只出現在腎臟局部，而藥物治療三~六個月病情依然沒有好轉時，可以考慮只切除結核病灶。

(3)解除輸尿管狹窄的手術：輸尿管的結核病變引起部分管腔狹窄、腎積水，而且腎臟的功能還比較好時，可以考慮只切除狹窄的輸尿管部分。

(4)萎縮膀胱的手術：腎結核并發膀胱萎縮時，在病腎切除及抗結核治療三至六個月，待膀胱結核完全愈合后，可進行腸膀胱擴大術。膀胱萎縮的男性病人往往還伴有前列腺、精囊結核引起后尿道狹窄，不能做腸膀胱擴大術時，為了改善和保護另一側腎臟的功能，可以考慮將輸尿管或腎臟直接在皮膚上接口，以保證尿流通暢。