慢性腎盂腎炎在治療上應延緩腎損害進程，保護腎功能，慢性腎盂腎炎的預后取決于導致慢性腎盂腎炎發病的易感因素是否仍然存在。

慢性腎盂腎炎在長期的急診過程中，在積極進行有效抗菌治療的同時，應努力通過各種措施延緩腎損害進展，保護腎功能，這應當成為慢性腎盂腎炎治療中的戰略性目標。可采用中醫藥治療，以及糾正水、電解質失衡、維持內環境穩定，避免使用對腎臟有損害的藥物等。

慢性腎盂腎炎的預后多取決于導致發病的易感因素是否存在，亦與是否及時、有效的治療有關。慢性腎盂腎炎絕大多數伴有復雜性尿路感染，而復雜性尿路感染超過半數在治療后仍然持續有細菌尿或經常復發，影響腎功能而預后不良，適當的治療和密切的隨訪可以改善預后。