一般情況下，生理性卵巢囊腫可以采用以下方式來去除：
患有生理性卵巢囊腫，沒有出現明顯的不適癥狀，可以暫時不治療，進行臨床觀察。生理性囊腫一般會自己消失。患有生理性卵巢囊腫，如果囊腫很大，有腹脹、腹部疼痛等癥狀，可以進行穿刺。生理性卵巢囊腫如果在短期內增加的幅度很大，可以進行手術來切除。患者可以根據自身的實際情況，選擇適合自己的治療方式。

一般情況下，生理性的卵巢囊腫是由于女性在月經周期中出現了卵泡的發育過度，或是由于黃體的生長太大而導致的，具體分析如下：
正常來說，這個生理上的囊腫在一星期內就會自行消退。女性來月經后要做常規檢查，一般不需要做特別的治療。而病理性囊腫在經期過后會一直存在，不會自行消退。女性經期過后做B超檢查，可以明確診斷為生理性卵巢囊腫。

生理性卵巢囊腫可能會有腹部腫物、小腹疼痛、月經失常等癥狀及表現，有些患者可能還會出現壓迫癥狀。
1、腹部腫物：患者按腹部可以發現腹內腫物、腹脹不適，或在婦科檢查時發現附件腫塊。
2、小腹疼痛：卵巢囊腫患者感覺腹痛，尤其忽然發生者，多系囊腫蒂發生扭轉，偶或為囊腫破裂、出血或感染所致。
3、月經失常：一側卵巢甚至雙側卵巢囊腫，由于并不破壞所有的正常卵巢組織，故多半不引起月經失常。而月經失常患者常伴有卵巢生理性囊腫，如卵泡囊腫等，部分患者會因卵巢囊腫影響卵巢的內分泌功能而出現絕經后出血的現象。
4、壓迫癥狀：如膀胱受壓，可引起尿頻、尿急、排尿困難或尿潴留；如壓迫消化道，可引起上腹不適、食欲減退、下墜感或排便困難。

較多見的生理性卵巢囊腫是月經周期中正常的卵泡持續生長，這種囊腫通常不會引發健康問題，也很少導致身體疼痛不適，一般在2~3個月經周期會自行消失，不需要進行治療。如果反復出現生理性卵巢囊腫，女性患者就要及時去醫院做性激素六項檢查，同時也要改善自己的生活方式，改善飲食習慣，避免吃辛辣刺激性食物，避免吃富含激素的食物。

生理性卵巢囊腫可能會疼，也可能不會疼。生理性的卵巢囊腫位于卵巢表面，在劇烈活動之后，劇烈房事后或者做過某些醫療操作之后，可能會發生囊腫的破裂或囊腫蒂扭轉，這時候會出現劇烈的下腹疼痛，這屬于一種急腹癥，患者需要及時到急診進行治療。生理性囊腫在不發生破裂和蒂扭轉的時候，患者一般沒有明顯的自覺癥狀，是不會出現疼痛的。

卵巢囊腫就是指卵巢內有囊性的腫物形成，可分為腫瘤性和非腫瘤性兩類，而通常人們說的生理性卵巢囊腫是指非腫瘤性的那一類。生理性卵巢囊腫是最常見的卵巢囊腫，一般發生在排卵期的育齡婦女，生理性卵巢囊腫一般會自動消失。