一般來說，腦干損傷可通過藥物治療、日常調理的方式進行處理，具體分析如下：
針對出血引起的腦干損傷，建議通過手術的方式進行治療；也可以用甘露醇進行脫水治療，緩解癥狀；針對外傷或炎癥引起的腦干損傷，可以在醫生的指導下應用單唾液酸四己糖，神經節苷脂等藥物，配合抗生素，糖皮質激素進行治療。在日常生活中，患者要注意飲食健康，戒煙戒酒，以清淡和易消化的食物為主，忌辛辣刺激的食物，多吃新鮮的水果和蔬菜，少食多餐，不要暴飲暴食，保持心情舒暢，適當運動，比如慢跑、游泳等，有利于身體健康。
一般來說，腦干損傷的臨床表現如下：
一、意識障礙，一般是在傷后立刻出現持續的輕度的深度昏迷。
二、眼球和眼珠發生變化。在中腦受傷的早期，左右眼眶大小不一。兩側的瞳仁變大，失去了對光線的反應。當兩邊受創時，兩邊的瞳孔會變大，而眼球會被固定住，則會導致兩邊的瞳孔急劇收縮。
三、脫腦強直是中腦損傷的一種癥狀，主要有兩上臂過度伸長和內轉。下肢過度伸展，身體呈角度弓反張。
四、錐體束癥，主要表現為四肢麻痹、肌肉緊張、肌腱反射、神經反射、神經反射等。此外還有呼吸、心血管功能等方面的生命跡象。
腦干損傷后遺癥的表現，主要是看患者損傷哪個部位的腦干，如果是損傷延髓部位的腦干，患者就有可能會留下吞咽困難，飲水嗆咳，一側肢感覺減退，甚至眩暈、惡心、嘔吐等后遺癥。如果是損傷腦橋部位的腦干，可能會留下口角歪斜、視物模糊、眼球活動受限等后遺癥。
第一是意識障礙。原發腦干損傷病人傷后常常出現即刻昏迷，是一個持久性的，而且很深的昏迷，時間非常長，中間很少出現逐漸的好轉期。腦干損傷意識障礙的恢復比較緩慢，意識恢復后，常有智力遲鈍和精神癥狀，嚴重的是一種植物生存狀態。
如果是腦干損傷導致的，嚴重的昏迷不醒，那么病情是特別嚴重的，絕大部分病人都是難以生存下來，要在當地的三級甲等公立醫院神經外科，住院治療，病情穩定以后，盡快做高壓氧康復針灸康復和物理康復治療。
