非淋主要是支原體、衣原體感染導致的。支原體、衣原體中醫是檢測不到的。只有西醫可以檢測出來，中醫的消炎作用是不如西醫的。但是可以中西醫結合治療的。要多喝水，多排尿。沖洗尿道以利排出致病菌。戒煙酒，少食辛辣刺激食物。癥狀消退后繼續消炎治療2周，以防復發及并發前列腺的問題。治療期間暫禁房事。

非淋菌性尿道炎通常是好治療的。
治療非淋菌性尿道炎可采用抗生素藥物和消炎抗感染等藥物治療，還可多吃有清熱利尿作用的食品來協助治療，從而達到根治的效果。非淋菌性尿道炎病人在治療過程中，要注意尿道口干凈、衛生，要天天用溫水沖洗，不要久坐不動，同時還要保持良好的生活規律才能快速康復。

通常來說，非淋菌性尿道炎是否會導致前列腺炎，需要視情況而定，具體分析如下：
非淋菌性尿道炎只要在10-14天內得到徹底的治療，一般不會發展成前列腺炎，也不會有其它的并發癥。如果不及時治療非淋菌性尿道炎，引起病情的拖延，或是在治療期間不注意個人衛生，不規律的生活，都會引起前列腺炎癥，從而影響到患者的生活和康復。

非淋球菌性尿道炎是由衣原體、支原體等淋球菌以外的其它病原體所引起的尿道急慢性炎癥，因此在治療上主要是使用抗菌藥物。
由于這種尿道炎可以通過性接觸傳播，因此在治療期間要采取防護措施，避免交叉感染。
臨床上治療非淋菌性尿道炎的藥物有三大類，其中以大環內酯類使用最為廣泛，常用的有阿奇霉素片、紅霉素腸溶片等。此外，鹽酸環丙沙星片、氧氟沙星膠囊等喹諾酮類藥物，也可以用于非淋菌性尿道炎的治療。

如果尿道有分泌物，并且已經被診斷為細菌性陰道炎，可以通過靜脈注射抗生素來治療感染。治療期約為7-10天。同時，外用藥物也可以用來沖洗局部區域。其次，應注意當地衛生，經常更換內衣，并將內衣暴露在陽光下。

非淋菌性尿道炎在出現上行感染的時候，也有可能會導致前列腺炎的出現，如果發現陰莖上有一些比較小的小水泡，也有可能會是急性淺表性的龜頭炎所導致的一般主要是由于包皮過長或者是嚴重的刺激所引起的。應該及時的進行治療，治療的時候會使用消炎之類的藥物治療，或者是進行輸液治療。