偏頭痛跟三叉神經痛通常在病因、臨床癥狀等有很大的區別。
偏頭痛與情緒不穩定、睡眠不足、超負荷運動、神經細胞興奮性紊亂、內分泌紊亂有關。三叉神經痛主要是由于神經損傷、精神壓力過大、免疫功能異常引起的。偏頭痛是一種單側搏動性頭痛，一般發生在顳部，由于顱內動脈持續收縮，可能會導致頭痛，少數患者會出現眩暈、精神錯亂、四肢無力等癥狀，持續10-30分鐘或數小時。三叉神經痛是一種反復發作的面部疼痛，主要表現為電擊樣、刀割樣、撕裂樣或燒灼樣劇痛，持續數秒至2分鐘，睡眠時疼痛發作減少或不發作，發作時伴有疼痛性面肌抽搐、口角歪、皮膚發紅、流涎等癥狀。

在臨床上，可以通過臨床表現來確診偏頭疼和三叉神經痛。
偏頭疼通常是有前兆的，主要癥狀是視力的減退，或有散射的閃爍的斑紋，這說明偏頭疼的癥狀，在頭疼的時候，可以看到額部和大量的一種波動性頭疼，有些病人還會影響到另外一邊的頭疼。三叉神經痛通常是一邊電灼樣、針刺樣、刀割樣的疼痛，這種疼痛通常不會超出中間的位置，通常是一邊頭疼，一邊不會出現頭疼癥狀；也有一些人會出現兩側的頭疼，這種頭疼會在幾分鐘到一分鐘之間。

偏頭痛不屬于三叉神經疼痛，三叉神經疼痛屬于三叉神經附近的血管病變或者畸形壓迫神經組織引起的疼痛。偏頭痛與生活壓力、內分泌失調等因素有關。偏頭痛與三叉神經痛并無明顯關系，臨床上要注意鑒別，不可混淆，因為治療方法不同。偏頭痛是由于血管收縮和舒張功能紊亂而引起的血管性頭痛。臨床表現為單側或雙側搏動性頭痛，疼痛持續5-3天左右，伴有惡心嘔吐等癥狀。非甾體類消炎止痛藥物是治療的主要方法。

神經痛和偏頭痛是有不同的。神經痛，又有三叉神經痛，神經痛是分布在三叉神經區域的，具有一陣一陣發作，然后反復性發作的特征，沒有任何陽性體征。神經痛常發于在中年的女性。三叉神經每次發作一般都有幾秒或者數十秒，一般都不會超過兩分鐘。而偏頭痛是一種反復發作的，在頭部一側或者兩側的搏動性頭痛。

神經痛和偏頭痛是有不同的。神經痛，又有三叉神經痛，這種神經痛是分布在三叉神經區域的，它具有一陣一陣發作，然后反復性發作的特征，沒有任何陽性體征。這種神經痛常發于在中年的女性。三叉神經每次發作一般都有幾秒或者數十秒，一般都不會超過兩分鐘。而偏頭痛是一種反復發作的，在頭部一側或者兩側的搏動性頭痛。患偏頭痛的大部分都是女性，有時候是有家族遺傳的。

血管性偏頭痛與三叉神經痛區別在與發病的部位不同，發病的癥狀也是有所不同的。1、血管性偏頭痛：一般表現為前額部位頭痛，發作之前通常有先兆，可能會出現周期性或輕重不同的單側頭痛。2、三叉神經痛：一般是在面部三叉神經分布的區域出現劇烈的疼痛，是常人難以忍受的神經性疾病，一般不會出現頭痛的情況，三叉神經疼痛的時間一般在幾秒、幾分或幾個小時不等。