一般情況下，如果患有扁平疣，可以在醫生的指導下使用藥物進行治療，還可以使用物理治療的方法改善相關情況。
扁平疣是一種具有傳染性的疾病，是由病毒感染引起的，在日常生活中不要搔抓刺激，可以遵醫囑用重組人干擾素α2b軟膏、氟尿嘧啶軟膏、五妙水仙膏等進行藥物治療，也可以采用中藥的方法進行。此外，還需要通過局部治療的方法來緩解相關癥狀，主要包括激光、液氮冷凍等。
一般來說，眼角的扁平疣可以用激光去除。
眼角的扁平疣是可以通過激光去除的。如果是扁平疣，可以使用干擾素凝膠、維A酸乳膏、氟尿嘧啶軟膏等，要避免藥物進入眼睛。也可以用激光進行2-3次。扁平疣是一種具有傳染性的疾病，需要進行自我預防，平時要把自己的衛生用品和別人隔離起來，避免出現交叉感染，在治療之前盡量避免化妝，以免感染其他地方導致扁平疣增加。平時要避免食用辛辣刺激性的食物，平時要多吃一些清淡的食物。
眼睛上長扁平疣是由病毒感染引起的，具有傳染性，可通過如下方法改善去除：
1.眼皮上肉皮比較薄不建議做激光或者冷凍，可以用藥物治療。
2.可以外用他扎羅丁凝膠或阿達帕林凝膠在傷口上涂抹，或用0.5%的鬼臼毒素酊點涂于扁平疣的地方，而非正常皮膚。
3.可以服用病毒靈、異維A酸膠囊、牛羊肉、魚蝦等食物。
4..在日常生活中盡量不要搔抓，個人衛生用品要和別人分開使用，以防發生感染。
通常情況下，眼周的扁平也能增強免疫和抗病毒的作用。可以外用維甲酸、他扎羅汀、重組人干擾素凝膠等藥物進行治療，還可以服用胸腺肽、復方氨肽等等藥物來增強免疫力，同時還可以服用板藍根、夏枯草、通草、薏米仁、生地、甘草等。
對于扁平疣，患者還可以通過激光凍結等方法進行治療，但對于臉部眼周的患者，最好是使用藥物進行治療，避免留下疤痕。
扁平疣治療上可以用物理療法或藥物療法、中醫中藥療法等。物理治療主要選用液氮冷凍和激光治療、疣組織包埋療法。中醫中藥療法有耳后放血法、火針法、穴位注射法等。藥物治療可以服用增強免疫的藥物，因為扁平疣多發生于免疫力低下人群，免疫力增強后，有自身清除病毒的可能，扁平疣是有自愈性的。