陰莖長了扁平疣可以選擇藥物治療、冷凍治療等方式來改善，具體內容如下：
1.藥物治療：扁平疣可主要是人乳頭瘤病毒感染引起的，表現為手部以及面部出現扁平的丘疹，患者可以在醫生的指導下使用氟尿嘧啶乳膏、利巴韋林氣霧劑等藥物進行治療。
2.冷凍治療：如果扁平疣的體積比較大，患者可以到醫院通過冷凍的方式進行治療，能夠達到去除的目的。
通常情況下，人乳頭狀瘤病毒感染會導致扁平疣的癥狀，多見于面部、手背，屬于是一種常見的病毒感染性疾病，一般可以采取物理治療、藥物療法等方式進行治療。具體內容如下：
1.物理治療：液氮冷凍、微波等非藥物療法。其中最常見的就是液氮冷凍，經過液氮冷凍，7-10天后會結痂，然后脫落。結痂脫落后，如果出現皮疹，可以進行冰凍處理。
2.藥物療法：如果患者不想采取物理治療，此時患者還可以在醫生指導下外敷一些藥膏，比如維甲酸軟膏、維甲酸軟膏、干擾素等進行治療。
可以進行物理治療，包括冷凍療法，還有激光治療。也可以外用相關藥物進行涂擦的，另外也是可以選擇口服藥物治療。同時在這期間需要注意飲食要以清淡為主，最近不要吃辛辣的食物。
手上長的扁平疣可以用電灼、激光去除，也可以外涂一些軟膏進行治療，還可以口服一些抗病毒提高免疫力的藥物，這個病是病毒感染所致，有傳染性而且會自我接種，所以平時避免搔抓疣體。
扁平疣屬于一種真菌感染，不要去抓撓，因為去抓的時候會將真菌帶走，抓到哪里長到哪里，不管就沒事，對寶寶是沒有影響的。不要吃魚、蝦、蟹等海腥“發物”，以及煙酒等刺激性食物。