一般來說，男性生殖器真菌感染可以選擇藥物治療。
男性生殖器官被真菌感染的一種疾病，可以采用局部用藥，先用碳酸氫鈉溶液清除龜頭前方的分泌物，保持局部清潔和干燥，然后可以外用一些抗真菌藥物，如克霉唑乳膏、硝酸咪康唑乳膏等。重度的病人可以服用氟康唑片等藥物。同時要注意個人衛生，每天晚上要清洗龜頭，經常更換內褲。

一般情況下，生殖器真菌感染可以通過藥物治療、生活護理等方式進行改善，具體內容如下：
生殖器真菌感染會導致龜頭局部會有豆腐渣樣的分泌物，伴有明顯的瘙癢。首先可用碳酸氫鈉溶液或氟康唑注射液進行沖洗，保持局部清潔和干燥，外用抗真菌藥物，如克霉唑乳膏、硝酸米康唑乳膏等。在治療的時候要注意個人衛生，要經常更換內褲，并且要把內褲用熱水沖洗干凈，不要在陽光下曝曬。

主要臨床癥狀是陰莖、包皮或者龜頭出現輕度的發紅，局部有豆腐渣樣的分泌物，還會有淡紅色的丘疹，伴有明顯的瘙癢感。男性生殖器出現真菌感染，大部分是因為感染了念珠菌，可以診斷為念珠菌性包皮龜頭炎，與自身患有糖尿病，或者長期使用激素類藥物、免疫抑制劑等導致免疫功能下降有關系。

一般來說，男性生殖器真菌感染用抗菌藥。
如果是男性外陰真菌感染，可以使用抗菌藥物。最常見的是克霉唑膠囊和特比萘芬片，局部可用5%碳酸氫鈉外洗，也可以外用高錳酸鉀，也可以外用克霉唑軟膏、硝酸咪康唑軟膏。一般情況下，口服和外用的藥物都要使用4-6個星期。真菌的治療很難，需要很長的時間，需要持續的治療。如果局部瘙癢，也不能用手抓，否則會造成交叉感染。

男性生殖器真菌感染一般是龜頭和包皮的真菌感染，通常見于包莖或者包皮過長的患者。通常的癥狀可以見到陰莖頭、包皮內板或者冠狀溝處，也就是把包皮翻起來以后可以看到大量的、黏稠的、豆腐渣樣白色污垢，洗干凈了以后可能很快就會再次出現。另外可以看到陰莖頭、冠狀溝和包皮內板紅腫，并且有紅色的丘疹，有些患者會看到感染的皮膚和正常的皮膚有明顯的分界線，會出現皮膚瘙癢，這種癢非常難以忍受，而且會有燒灼感。建議患者及時去醫院就診，明確具體情況，對癥治療。

生殖器真菌感染是包皮過長，包皮包住龜頭，造成陰暗潮濕的環境，容易導致真菌感染，或者性交的對象有真菌，也就是有霉菌性陰道炎，也會導致真菌感染，每天將生殖器清洗干凈，并保持干燥，可以有效的減輕癥狀。