一般來說，勃起的時候疼可能是陰莖海綿體的病變或者是陰莖硬結癥。
如果發生了陰莖海綿體的病變，或者是陰莖硬結癥，需要做進一步的檢查，比如陰莖血流多普勒，陰莖海綿體造影。如果是陰莖海綿體病變或陰莖硬結癥，可以服用乙烯雌酚片、血栓通片、紅景天膠囊等藥物，對癥治療2-3個月。在治療過程中要盡量避免陰莖的勃起，因此盡量不要同房。
當男性朋友患有陰莖勃起疼痛時，應該看出是否存在陰莖創傷和損傷，無論是有皮炎，尿道炎，尿道狹窄等，包皮過長，粘連。當陰莖勃起時，包皮會更加疼痛，陰莖會變形，直立時陰莖會更疼。
勃起太久伴有腰疼，一般與很多年輕人的不良生活習慣有關，比如很多人有手淫的習慣，手淫時手部、腰部用力比較大，勃起久了就會腰疼，一定要盡快去除手淫的習慣。另外，腰部的力量不夠強，比如小關節紊亂或者腰肌勞損等，所以一定要加強身體鍛煉，養成良好的生活習慣，平時要避免壓力過大，調整心態，飲食生活規律有序，避免煙酒、辛辣食物的刺激，不要熬夜。
勃起異常，異常勃起，口服女性激素，會抑制勃起，精神放松，解除思想顧慮，多做室外文娛體育活動，精神愉快，多接受紫外線照射，多喝開水，會有利于康復。及時到當地專業正規的男科醫院進行治療，陰莖勃起異常的危害是非常大的，我們在日常生活中一定要高度重視，及時找病因，對癥治療。
陰莖勃起困難大部分情況下見于男性勃起功能障礙。造成勃起功能障礙的原因很多，如：手術、外傷引起陰莖有關血管和神經損傷；內分泌疾患、慢性病和長期服用某些物；前列腺炎、前列腺增生反復發作久治不愈；還可能是一種特殊疾病—陰莖硬結病所引起的，這一疾病的特點是陰莖上有結節狀或條索狀硬結。