通常情況下，小兒腦炎后遺癥有肢體癱瘓、癲癇、智力低下等。具體情況分析如下：
兒童腦炎有兩種情況，一種是化膿性腦炎，另一種是病毒性腦炎。化膿性腦炎的并發癥有硬膜下積液，癥狀為化膿性腦膜炎，在治療期間體溫不升高，病程中前囟門進行性充盈；腦室管膜炎，主要表現為高燒不退，頻繁抽搐，甚至是呼吸衰竭；腦積水、前囟門增大、頭圍逐漸增大、頭皮靜脈擴張等。病毒性腦炎一般在1-2個星期內痊愈，嚴重時會出現肢體癱瘓、癲癇、智力低下、失語、失明等后遺癥。
另外，單純皰疹病毒腦炎、乙型腦炎、腸病毒71腦炎的死亡率也較高。
如果腦炎治療及時一般不會留下后遺癥。由于治療不及時或不徹底，部分可出現智力減退，另一部分可出現失明，聽力減退，可以間接地影響小兒智力發育，所以要積極預防。應加強營養，鍛煉身體，增強抵抗力。
小兒腦炎后遺癥主要表現為神經精神方面的異常，神經異常的表現多有：發熱、頭痛、嘔吐、嗜睡、昏迷、驚厥等。重者則大腦丘腦下部底節腦干小腦和脊髓的癥狀都可能有異常表現。
這個及時治療的話沒有什么后遺癥的，但是如果治療不及時的話，對腦細胞有破壞損傷的話，有的可能會出現后遺癥的，比如局部的，自己偏癱之類的都有可能出現。要培養小孩良好的生活習慣，均衡飲食，開窗通氣，保持室內空氣新鮮，多做戶外活動，少到人多的地方，提高身體的抗病能力，減少感染病毒的機會。
腦炎后遺癥，鼓勵做主動鍛煉。盡量多活動，讓患肢得到運動，利于功能的恢復。我們用中藥修復損傷腦細胞，含有豐富的神經營養因子、小分子多肽、多種氨基酸，這些有效成分可直接作用于腦細胞。
