引起陰莖短小的原因主要是陰莖先天性的發育不良，包括包莖，隱匿性陰莖。也有可能是由于海綿體的病變導致海綿體萎縮，海綿體硬化，出現陰莖短小。多見于陰莖外傷，或者是高血壓糖尿病。
根據孩子的癥狀，應該屬于假性隱匿性陰莖，有可能是先天發育異常造成的，也有可能是孩子肥胖等原因造成的。對于孩子現在的情況，是不需要進行治療的，如果青春期后還有隱匿性陰莖的癥狀，可以手術進行治療，你家孩子要合理喂養，適當的補充維生素D。
遺傳，男性的陰莖就跟身體其他的器官一樣，其大小還有形態特點等都會受到遺傳基因的控制跟影響。肥胖，一些恥骨聯合部、還有會陰部脂肪比較豐滿突出的男性，往往陰莖部位的發育也不是很好。
一般情況下，引起陰莖短小的原因主要是先天性的發育不良，包括包莖、隱匿性陰莖。也有可能是由于海綿體的病變導致海綿體萎縮，海綿體硬化，出現陰莖短小。這種情況多見于陰莖外傷，或者是高血壓糖尿病的患者。如果是隱匿性陰莖和包頸，可以通過做手術治療使陰莖增大增長的。如果存在海綿體萎縮的情況，通過陰莖血流多普勒的檢查可以明確診斷，然后口服11酸睪酮膠囊，紅景天膠囊促進海綿體的生長，可以使陰莖增大。
陰莖短小根本的原因是遺傳基因的影響。另外包皮過長會阻礙陰莖的發育。后天性的陰莖短小，主要是因睪丸萎縮引起，青少年發育期間攝入的鋅原素、雄性激素、維生素E和相關蛋白營養不足，缺乏后天能量補充，起不到壯大性器官的作用。