陰莖短小是一種較普通的先天性異常，陰莖長度比同齡人小2個標準差（cm）。此病與體內睪丸酮缺乏有關，睪丸酮缺乏是激素靶器官發育不良的結果。常伴有睪丸發育差，下降不全。另外一些器官發育（包括陰囊）也可受累。下丘腦分泌的黃體生成素釋放激素（LHRH）減少。陰莖短小者影響正常夫妻生活，喪失正常生育能力。
陰莖短小指的是陰莖的長度小于正常平均值的2點5個標準差。對于成年男性來講，陰莖在疲軟狀態下小于5厘米、在牽拉長度的條件下小于7厘米、在勃起的條件下小于9厘米，則稱為陰莖短小。
陰莖短小還會造成其它器官的發育，常伴有睪丸發育差，造成包皮包莖。而包皮包莖有可能會引發前列腺炎，龜頭炎等一系列男性疾病。青春期陰莖發育不良的在心理上有一定的自卑和壓抑感，常年累積下來的心理壓力會造成性格上的壓抑，又發性自卑、性冷淡等嚴重的身心疾病。
及時去醫院進行檢查看看，只要有正常的射精，精子發育正常，這是不會影響生育的，定期體檢，看看身體發育情況，如果過于短小，這可以去醫院手術矯正等，平時加強飲食營養，加強鍛煉身體。
小陰莖可使夫妻性生活不滿意，影響女性快感，嚴重者甚至導致婚姻破滅裂，肥胖人群，包莖短小，怕受歧視，在浴室、公廁等公共場所難免被看見，易產生自卑和焦慮情緒，年齡較大，陰莖萎縮，影響正常排尿，先天缺失、燒傷或陰莖癌術后等，給病人及其家屬造成痛苦。
