一般來說，真菌感染龜頭炎可以使用藥物治療。
白色念珠菌感染會導致真菌感染性龜頭炎，局部可用5%的碳酸氫鈉溶液或高錳酸鉀粉1:5000外洗，局部可用硝酸咪康唑軟膏或克霉唑軟膏外用。每日早晚用，徹底恢復要花4到6個星期。在治療過程中，由于真菌具有極高的傳染性，很容易發生交叉感染，所以穿著的內衣要用熱水燙一下，放在陽光下曝曬，細菌在高溫下很容易被殺死。

真菌感染龜頭炎首先就要將包皮龜頭清洗干凈，保持干燥。因為真菌一般都是在陰暗潮濕的環境下生長，破壞這種生長環境，真菌一般都會慢慢治療好。也可以外用抗真菌藥膏進行治療。

真菌感染的龜頭炎治療首先就要將包皮龜頭清洗干凈，保持干燥。因為真菌一般都是在陰暗潮濕的環境下生長，破壞這種生長環境，真菌一般都會慢慢治療好。也可以在龜頭上涂抹抗真菌藥膏，一般3到5天就可以治療好。不主張口服抗真菌的藥物，都是以局部用藥為主。

龜頭炎及真菌感染，現在不需要口服藥物，可以提取分泌物進行化驗。現在可以采取洗液清洗后外用藥物，如果是包皮過長引起，可以考慮手術環切的，具體的，根據自身的情況來判斷的，平時不可以過多的刺激其。

龜頭炎主要有以下幾種類型：急性淺表性龜頭炎：患處紅斑、腫脹、糜爛、滲出；自覺疼痛及瘙癢。多由于摩擦、避孕套（藥）、清潔劑等刺激引起。念珠菌性龜頭炎：早期潮紅，表面散在針尖大小紅色丘皰疹，其上覆有點狀乳酪樣分泌物，膿皰，嚴重時糜爛，滲出。分泌物直接鏡檢見念珠菌孢子及菌絲。

龜頭炎伴真菌感染的治療主要是應用抗真菌藥物治療。這個一般是與性生活當中接觸到霉菌性陰道炎等引起的有關，在治療的同時要避免性生活。飲食方面要清淡，不能吃辛辣刺激性的食物。