腎結石在治療時通常包括藥物排石、體外碎石和手術排石等排石方法，臨床可根據結石的大小來選擇合適的排石方法，一般直徑小于6毫米的結石多選擇藥物排石，如中藥的排石沖劑和西藥；6毫米到2公分之間的結石可以選擇體外震波碎石，如結石過大可選擇經皮腎鏡和輸尿管軟鏡碎石，或選擇開放性手術進行排石。
需要臥床休息，減少活動，多飲水，促進尿液的稀釋。如果出血量較大，可以選擇使用止血的藥物來進行治療。腎結石發生尿血，是由于結石活動而導致泌尿系黏膜受損，黏膜受損后出現破裂出血而形成血尿。
如果孕婦腎結石的病情是輕度的，可以多飲水，減少散步的次數，增加身體的代謝速度，從而加快體內的代謝，從而加快排泄。
如果懷孕期間出現了腎結石，建議到醫院進行B超的診斷。如果石頭不超過2公分，建議多飲水，每天適量的鍛煉，避免草酸類的攝入量。在生產完成以后采用震波進行體外碎石。如果結石比較大，可以在生產后進行外科摘除。
腎結石應該進行手術治療。腎臟結石需要根據結石的位置、大小及是否造成腎臟積水等多因素決定如何治療。最常用的治療方法是體外沖擊波碎石。腎臟結石在2厘米以下的首選治療方法，體外沖擊波碎石無任何創傷。經過體外沖擊波碎石后，需要定期進行觀察隨訪，直至結石完全擊碎排出為止。如果經過體外沖擊波碎石治療后的腎臟結石，沒有任何的排出和改變，則可以選擇手術治療。
腎結石如果是比較小的結石，可以采取藥物排石的方式進行治療。注意多飲水，多飲水可以增加尿量，稀釋尿液中晶狀物質濃度，減少結石的發生。排尿的過程還可以使一些小的結石隨尿液排出體外。
