一般情況下，懷孕初期卵巢囊腫治療要根據囊腫的性質和患者的癥狀決定。
1.如果囊腫直徑在5cm以上，一般需要進行手術治療，避免卵巢囊腫破裂引起急腹癥。
2.如果是良性的生理性囊腫，囊腫直徑在5cm以下，患者沒有明顯的臨床癥狀，一般不需要特殊治療。
日常生活中，應注意個人衛生，飲食清淡，作息規律，多休息，保持良好的心態，注意合理運動，增強自身的體質，有利于身體健康。

懷孕初期卵巢囊腫不適的問題，考慮可能是跟激素分泌異常有關系，可能是存在感染的問題，容易對孩子的健康發育產生影響，定期的做孕期各項檢查，觀察胎兒的發育情況，合理的飲食，適當的增加營養，滿足身體的生理需求。

孕婦體內的雌激素和孕激素水平會改變，從而導致生理性的卵巢囊腫，在妊娠前沒有，在妊娠后會出現，多半是生理性的卵巢囊腫。
正常情況下，只要不超過3cm，就不需要做特別的處理，因為右側卵巢囊腫會自動消失，所以要定期做B超檢查，以了解囊腫的發育；如果右側囊腫大于5cm，那么卵巢囊腫有可能會對子宮造成擠壓，從而影響到胎兒的生長。

懷孕前做過體檢，沒有發現雙側卵巢有囊腫的情況下，懷孕之后發現卵巢有囊腫，考慮可能是，卵泡釋放之后卵巢形成的黃體，卵子受孕之后，形成合體滋養胚胎，滋養細胞分泌的人絨毛膜促性腺激素下，促進黃體繼續增大，轉變為妊娠黃體。

懷孕卵巢囊腫一般需觀察孕十二周，因妊娠后亦可并發黃體囊腫。卵巢囊性腫瘤是一種罕見疾病。黃體囊腫可隨妊娠持續而自行變小，甚至消失。若是有惡變的可能時必須立即就醫檢查。最近若發生良性囊腫伴出血，不是扭轉破裂，也不是疑似惡性的。若是子宮內膜異位而引起不孕時必須立即就診。無論妊娠哪期，均應積極手術，以免耽誤病情。卵巢是孕育胎兒最重要的場所之一，而子宮則對卵子起著保護作用。妊娠12周以前，卵巢囊腫手術不容易，由于妊娠12周前胎盤尚未形成，無法產生充足孕激素，無法維持胚胎發育。此時子宮內膜已開始增生并有成熟細胞分泌出大量孕酮，這時若對胎兒已經發生影響，就應及時終止妊娠。
建議孕婦保持良好的心態，主要休息，主要合理飲食。

妊娠發現卵巢囊腫，它的治療要視孕期遲早而定、包塊的尺寸及屬性，及病人是否有病癥。
早孕期間囊腫嵌在盆腔內，可導致流產，中期妊娠易合并蒂扭轉，晚期妊娠，如果腫瘤很大就會引起胎位異常，分娩時會導致腫瘤破裂，如果腫瘤位置偏低，會梗阻產道，造成難產。
早孕并發卵巢囊腫，如在懷孕早期，卵巢囊腫直徑在6厘米以下，可多為妊娠所致生理性囊腫，這類通常可在不治療的情況下自然消退。如果囊腫一直延續到孕中期，未見萎縮，但亦不會增加，亦可在產后再行治療。如果卵巢囊腫呈擴大趨勢，或對惡性可能有較高疑慮者立即手術治療。若妊娠期卵巢囊腫蒂扭轉，還需馬上做手術。