如果患了單側巧克力囊腫，可以選擇在女性排卵期前后同房，可以增加懷孕的幾率。患者應該去正規醫院的婦產科檢查，根據檢查的結果對癥治療。平常應當注意休息，避免勞累過度，避免重體力勞動，可以多吃新鮮的蔬菜和應季的水果，忌食生冷辛辣刺激性的食物，少吃寒涼生冷的食物。保持輕松愉悅的心情，緩解壓力，注意保證充分的休息和充足的睡眠。可以適當運動，提高身體的免疫力。

巧克力囊腫一般的很少會導致不孕的，只要孕激素和卵巢的排卵功能正常就可以自然的懷孕的意見建議但是子宮內膜異位癥容易對懷孕產生不好的影響，另外會導致痛經以及月經的量的異常。

巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的一種。只要子宮內膜出現在子宮腔以外其他的部位都可以稱之為子宮內膜異位癥。子宮內膜異位癥的常見癥狀就是一個不孕的問題，子宮內膜異位癥和不孕是一個非常對立的問題，就是說子宮內膜異位癥很容易導致不孕。如果妊娠，本身對子宮內膜異位癥又是一個非常好的治療，它非常對立。

巧囊也就是說是巧克力囊腫，如果囊腫比較大的話，不進行治療的話，基本上是不會懷孕。如果超過5厘米的情況，需要手術。囊腫會引起育齡婦女不孕，且原因是多方面的，囊腫生長過快過大可影響卵巢的血運和排卵直接導致不孕。

巧囊手術以后懷孕幾率的大小，要根據手術的情況來決定。如果做完手術以后沒有出現粘連的情況，并且雙側卵巢恢復的也很好，雙側輸卵管也沒有粘連、堵塞，懷孕的幾率還是比較大的。

巧囊可以采取藥物或者手術治療，但容易復發。有生育要求的輕度患者，明確診斷后先行藥物治療觀察，病情重者行保留生育功能手術，對于無生育要求的患者，可以做巧克力囊腫根治術，一般不會復發。