膀胱結石的治療以手術治療為主，同時進行病因治療、抗感染及對癥治療。手術的方法分為微創及開放手術兩種類型。微創手術是經過尿道把碎石器械放到膀胱內，進行碎石，并把結石取出。
膀胱結石的治療方法主要應看石頭的大小。如果石頭比較小，可以多飲水、多活動，甚至做一些蹦跳運動，這樣石頭可能會自行排出。如果是比較大的石頭，就應該采用介入手術的方式，可以用開放的取石，也可以用激光碎石或者體外碎石。
可以通過彩超檢查判斷膀胱結石的大小。如果膀胱結石比較小，有機會經過尿道排泄，可以輔助藥物比如排石顆粒，另外就是多喝水，如果膀胱結石較大，可以考慮膀胱鏡取石處理。
膀胱結石外科治療的方法包括內腔鏡手術、開放性手術和體外碎石術。內腔鏡的治療：經尿道膀胱鏡結石的治療方法是目前治療膀胱結石主要的方法。方法的優點，可以直觀、直接的碎石，可以同時處理下尿路的梗阻性疾病，比如，尿道狹窄、前列腺增生。
膀胱結石的最佳治療方法大體上兩類，一類為手術取石，一類為非手術碎石，其中手術取石即傳統的恥骨上膀胱切開取石術，另一類的非手術碎石則又可分為膀胱鏡機械碎石大力鉗碎石、液電效應碎石、超聲碎石、彈道氣壓碎石等。