膀胱結石的治療以手術治療為主，同時進行病因治療、抗感染及對癥治療。手術的方法分為微創及開放手術兩種類型。微創手術是經過尿道把碎石器械放到膀胱內，進行碎石，并把結石取出。微創手術有如下幾種，大力碎石鉗，用鉗子把結石直接夾碎，適合于直徑小于兩厘米的結石。超聲壓彈道或者鈥激光碎石。
膀胱結石的最佳治療方法大體上兩類，一類為手術取石，一類為非手術碎石，其中手術取石即傳統的恥骨上膀胱切開取石術，另一類的非手術碎石則又可分為膀胱鏡機械碎石大力鉗碎石、液電效應碎石、超聲碎石、彈道氣壓碎石等。
如果結石體積比較小，可以通過多飲水、多活動，甚至是做一些蹦跳的運動，讓結石自行排出；如果結石體積比較大，需要選擇介入手術的方式進行治療，包括開放取石、激光碎石或者是體外碎石。
膀胱結石外科治療的方法包括內腔鏡手術、開放性手術和體外碎石術。內腔鏡的治療：經尿道膀胱鏡結石的治療方法是目前治療膀胱結石主要的方法。方法的優點，它可以直觀、直接的碎石；可以同時處理下尿路的梗阻性疾病，比如說尿道狹窄、前列腺增生。目前使用較多的是鈥激光碎石術：一個是可以治療結石；第二個可以治療引起結石的其他的疾病，如尿道的狹窄、前列腺增生等情況。
如果結石單一，且個頭不是特別大，采取經尿道的碎石的方法。根據結石的大小及數目來判斷采取何種治療方法。結石比較大，需要手術治療。結石很小，可以多喝水，較小的結石可以排出。