腎結石的臨床表現是因為腎絞痛發作引起的神經刺激，導致胃腸道功能紊亂，有的人會出現惡心、嘔吐等情況，尤其是腎結石落入輸尿管，造成輸尿管狹窄，從而引發腎絞痛發作。如果出現一過性的疼痛癥狀，主要是因為小結石晶體落入輸尿管，與輸尿管粘膜產生摩擦，引起一陣性的輸尿管絞痛，結石晶體排出后，疼痛會自行消失。血尿是由結石與腎盂和輸尿管粘膜的摩擦造成的。所以要定期復查腎結石，避免結石進入輸尿管，長期下去會造成腎盂積水，從而影響腎功能。
在靜態時，腎臟結石通常不會表現出來，但是隨著腎臟逐漸增大，會有結石向下移動，移動，掉落等情況。由于這顆石頭呈多形，質地較硬，如果往下移動，很容易割傷到輸尿管，引起局部腫脹，疼痛，發炎等癥狀。需要進行尿道平片，尿常規檢查可以確定結石的位置，大小，有沒有被發現。這樣才能對癥進行有效的處理。如果有明顯的疼痛癥狀，可以使用雙氯芬酸鈉利多卡因來進行鎮痛。
通常來說，腎結石老是半夜痛可能是多種原因導致的，具體分析如下：
這種情況主要是由于夜間不動，突然起身等動作，可能會使結石移動和摩擦，從而引起突然的疼痛。治療結石的疼痛一般有兩種，一種是用杜冷丁之類的鎮痛劑，可以壓制痛感，但不能根治。另外一種辦法是解痙，常用的利尿、解痙、排石的中成藥有尿石通丸、排石顆粒等。
一般情況下，腎臟結石是引起腰疼的重要因素之一。尿路結石是一種常見的泌尿系統疾病，約有半數的腎結石會有腰痛的表現，其病因是由腎內的結石堵塞引起的。結石伴有炎癥的尿液可引起腎臟的炎癥；常見的是腰酸脹痛，急性阻塞時可有典型的腎絞痛，如腰間有刀子般的痛感，這種痛感可能波及到同一側的腹部和會陰區。如果患有腎結石，可以在醫生的指導下使用藥物進行治療，如排石顆粒、結石通膠囊、腎石通顆粒等，有較好的治療效果。
腎結石引起的疼痛可能是整個尿路，包括腎臟，輸尿管，膀胱、尿道為管道系統，存在結石時，會導致梗阻，可引起腎臟內壓力升高，表現為脹痛隱痛。也可能是體積較小的結石在腎臟內可活動，也可向輸尿管下方移動，輸尿管結石在其中的活動和移動，可刺激平滑肌，引起絞痛。可能是結石合并感染、炎癥，可引起周圍腎組織及輸尿管的炎癥，也可導致炎癥滲出，引起病人疼痛。