腎結石加腎囊腫可能嚴重，也可能不嚴重。
一般來說，腎結石可以是很重的，也可以是輕的，比如腎囊腫，如果體積很大，并不會太嚴重。囊腫有可能是因為囊腫有炎癥，或是有很大的。一些腎臟膿瘍伴有炎癥，會有高燒，高達39~40℃，重則會導致感染，危及性命。腎結石由于長期的反復炎癥刺激，還有一些腎結石會發展成腎癌，通常是鱗癌，但手術和其它的療法對療效都很低，而且愈合非常不好，因此腎結石合并腎囊腫并不是很嚴重。這種疾病要看患者的具體病情，如果出現了腎結石或者腎囊腫，一定要到正規的醫院泌尿外科進行檢查。

患有腎結石腎囊腫是嚴重的，是需要進行手術治療的，如果癥狀不明顯，可以定期復查，觀察變化。一旦生長迅速或者臨床癥狀嚴重，就及時手術。平時要注意避免過度勞累和劇烈運動。注意保暖和休息。養成多喝溫水的習慣。

針對腎結石，腎囊腫的病人，具體怎么辦還是要根據具體結石的病情以及囊腫的病情來決定具體的治療方法。
要給患者做彩超，CT及其他檢查以明確腎結石具體情況和腎囊腫大小及其他病情。在這些方面都要根據患者實際的病情進行具體的分析，這樣才能夠制定出相應的方案。通常情況下，腎結石如體積較小，梗阻輕者可采用某些藥物處理，許多患者都能以保守方式排出結石。如結石的體積較大，也許有必要用手術方法清除腎結石。在臨床中通常會選擇腎穿刺取石和經皮腎鏡取石術這兩種方式。腎囊腫通常都屬于良性疾病，如體積小患者無癥狀，然后就能定期觀察了，若囊腫超過四厘米，或認為囊腫可能惡變，則應積極手術。

通常，腎結石、腎囊腫，不會對懷孕造成影響，但懷孕后，如腎結石或囊腫伴感染或疼痛等，也許會影響妊娠。因此，若患者孕前檢查查出腎結石或囊腫，仍建議患者做細致檢查，若結石能夠在孕前得到治療則為最佳。
孕期如有腎結石落入輸尿管內，導致腎絞痛或頻繁重復的泌尿道感染，對于懷孕有一定的影響，有些人甚至可引起流產，連死胎也會發生。腎囊腫通常對于懷孕會有較低的影響，但亦有部分可并發感染，會導致發熱，這類患者孕前還需有所防范，減少疾病對身體的危害。

腎結石和腎囊腫是兩種不同的病，是否會引起血尿需要根據病情的嚴重程度來判斷。
兩者的發展和腎中央的位置不同，腎結石位于腎盂內，而腎囊腫則在腎本質內，不在排泄體系內。腎結石一般會導致血尿，也可能是肉眼血尿，其具體的程度取決于患者的身體狀態，例如混合性的炎性血尿。囊腫通常不會出現血尿，如果囊腫與腎盂腎盞相連，那么就會出現血尿，不過大部分時候都不會出現血尿。而另一種是先天性多囊腎，其內部存在著許多的囊腫，破裂進入腎盂和腎盞時會出現血尿。

腎結石與腎囊腫的B超檢查截然不同，具體區別如下：
腎臟囊腫與腎結石是兩種截然不同的病癥，其病因及發展與此種預后療法截然不同。這兩種病都有自己的特征，常規的尿路檢測，一般都會進行b超的無創性和最簡便的篩查。b超是一個非常有規律的囊腫，里面充滿了液體，有一個很大的囊。超聲波是指利用超聲波的反射，來研究其內部的結構。腎結石大小不一，在超聲波中，是一個很大的亮點，在后部，會出現一些強烈的回音。常規的B超是最常見的。有一項叫做KUB的腹部平片，結石位于腎部位，會呈現高密度影的不規則圖像，正常的時候是看不到的，但是ct檢查會更加清晰，特征也更加突出，這是一個高密度的腎盂腎盞。結石的形狀和部位都是非常清晰的，囊腫是一種密度很高的液體，很容易分辨。