男性泌尿系統感染主要是針對感染的嚴重程度進行治療，如一般治療、藥物治療。
1、一般治療：男性的泌尿系統感染不是很嚴重的，可以在日常生活中多喝水，多排尿，多鍛煉身體，提高免疫力，可以讓尿道感染自行愈合。
2、藥物治療：如果尿路感染的癥狀比較嚴重，或者是尿道口流膿，可以在醫生的建議下口服抗生素，比如左氧氟沙星，頭孢地尼等，還要多喝水，以疏通尿道，減少細菌的滋生。
如果是比較嚴重的尿道炎癥，可能會有尿頻，尿急尿痛的癥狀，可以通過藥物進行治療，可以服用消炎的藥物。
平時要有一定的生活習慣，平時要多吃些抗炎癥的藥。適時的補水可以加速身體的液體代謝，這樣可以使尿變得更加的稀薄和清洗身體中的病菌。避免飲酒、攝入含糖量高的飲品，以及辛辣刺激性食物，避免刺激膀胱，從而加重病情。
發生尿路感染以后，會出現尿頻，尿急，尿痛及排尿不適等膀胱刺激征，當出現這些癥狀時候，需要到行尿細菌培養及藥物敏感試驗，找到致病菌和敏感抗生素，然后再對癥下藥，選擇敏感抗生素來治療，治療期間，需要多喝水，勤排尿，不要憋尿，保證每天排尿量在2000ml以上，這樣可以起到沖刷尿道作用，同時每天要用清水清洗尿道外口，會陰部，保持局部清潔。
可在醫生指導下服用中藥，中藥具有的利尿作用能增加尿液流量，增加對尿道寄居細菌沖刷作用，減少感染細菌在粘膜的定植，控制感染，縮短尿路感染癥狀及體征的消失時間，提高細菌清除率，從而達到治療泌尿系感染/陰道炎的效果。
尿路感染首先要進行抗感染治療，常用的藥物是頭孢類的抗生素。其次，確定感染的部位。尿路感染的部位通常分為上尿路感染和下尿路感染。上尿路感染通常合并有泌尿系統的畸形，如果判斷是上尿路感染，就要進行泌尿系統影像學的檢查，其中包括泌尿系統的彩超、造影、CT。下尿路感染相對比較簡單，多喝水，如果細菌感染控制不佳，可以做尿液的細菌培養，根據培養的結果，選用合適的抗生素進行抗感染治療。