若女性在懷孕期間身體患有某些疾病，如流感、肺炎等傳染性疾病，那么這些細菌病毒會侵害胚胎從而導致胎兒中毒。若女性的內分泌失調，如甲狀腺、腦垂體功能下降，這會導致子宮發育不良，從而無法為胚胎提供良好的生長發育的環境，甚至會對胚胎的發育產生危害，這都會造成先兆流產。
子宮畸形：如果說女性子宮畸形，比如雙角子宮，子宮發育不良等都會導致胚胎難以著床，即便著床了也會發育不良，一不小心就會出現先兆性流產癥狀。胚胎異常：胚胎異常也是導致先兆性流產的原因之一，有一些女性懷孕之后，往往會因為遺傳因素。
有一些女性即便是在懷孕期間，仍然有很多不良的習慣，比如酗酒，酒精當中所含有的大量乙醇會直接造成胚胎發育受損，對胎兒造成巨大的傷害，也會影響到胎盤和胎兒的血液循環，進而引發先兆性流產。
孕婦的感染病、高燒、嚴重貧血、嚴重營養不良、放射性、有毒物質接觸和生殖道畸形如雙子宮、子宮肌瘤等易導致先兆流產。引起先兆流產的原因是比較多的，比較常見的是因為在懷孕早期孕婦體內孕酮低引起的。另一個比較常見的原因就是因為胚胎發育不良導致的自然淘汰。
先兆流產發生的病因主要有，染色體異常，染色體異常是流產的主要原因，染色體異常包括數量異常及結構異常兩大類。又或者是母體原因，包括全身性疾病，全身感染時高熱，可誘發子宮收縮，引起流產，還有一些已知的病原體感染，孕婦心衰、嚴重貧血、高血壓、慢性腎炎及營養不良，均可導致先兆流產。