巴氏腺囊腫應該怎么治療需要根據具體情況來確定：
如果是巴氏腺囊腫很小，沒有出現局部炎癥，可以不治療，要密切觀察，同時要避免食用刺激性的食品，避免食用海鮮等發物，多食用新鮮的瓜果和蔬菜。巴氏腺囊腫是大的，或是伴隨著疼痛和炎癥，就必須進行手術。巴氏腺囊腫復發、年紀大的病人，可以考慮進行巴氏腺囊腫切除術。

巴氏腺囊腫的治療通常有一般治療和藥物治療，具體分析如下。
巴氏腺是女性生殖腺之一，主要功能是分泌粘液，潤滑陰道。如果巴氏腺因為某些原因堵塞或者發炎而形成巴氏腺囊腫，不僅會影響巴氏腺的正常功能，還會對女性的生殖健康造成極大的危害。患上巴氏腺囊腫后要注意私處衛生，勤換內褲，避免細菌感染。巴氏腺囊腫感染是有傳染性的，可以通過性生活相互感染，需要夫妻同治。建議在醫生指導下口服頭孢類抗生素或喹諾酮類抗生素等抗菌消炎藥物，也可以服用婦科消炎類藥物。

一般來說，巴氏腺又叫大腺體。位于外陰大陰唇下方，腺體較小，約有豆粒般大小，兩側一，腺管較細，在小陰唇和處女膜的溝槽中開口。在性激動的時候，會產生一種油脂狀的液體。一般人是無法觸及到腺體的。前庭大腺體在前庭大腺管阻塞后，由于分泌物質在囊腔內堆積，從而導致了前庭大腺囊腫的發生。一般沒有任何臨床表現，當合并感染時，會有顯著的痛苦。目前最常見的是前庭大腺囊腫造口引流術，該技術操作簡便，創傷少，對正常的甲狀腺功能無損害。手術后每日兩次進行紅外線輻射。用清水擦拭陰道，使陰道干燥。如果出現了嚴重的癥狀，必須配合抗生素進行抗菌處理。

一般來說，女性外陰巴氏腺囊腫通常需要進行外科手術治療。
手術方法為：外陰巴氏腺囊腫。可以選擇局部麻醉，也可以選擇腰麻。局麻可以在門診做，腰麻就得住院了。麻醉后，在外陰最凸起的位置切開，直至囊腫包膜完全取出，然后用可吸收的線將囊腫封閉。外陰也可以用可吸收的線進行皮內縫合，但不能拆線。手術后的消炎處理。腰麻病人術后24小時內不能下床。

檢查出有巴氏腺囊腫的情況首先需要注意好局部的衛生清潔，由于巴氏腺囊腫可以長期存在，多年不變，如果不妨礙日常生活，則可以定期觀察，無需治療。如果囊腫逐漸長大，或反復感染，經常形成膿腫，可行巴氏腺囊腫造口術，既保留了腺體功能，又引流通暢，防止復發。巴氏腺囊腫剝除術由于摘除了腺體，使巴氏腺的功能喪失，故目前多被造口術所代替。

巴氏腺囊腫的治療時需要根據病情來決定的，如果病情比較輕微，是可以采取藥物治療、激光治療的方式進行治療的。如果采取激光治療并不能取得較好的治療效果，那么可以采取手術切除的方式進行治療的。平時要多吃蔬菜和水果，多喝水。