胚胎停育的原因有很多，具體原因現在醫學也沒有明確。影響胚胎發育的原因有很多，比如環境因素，飲食因素，情緒變化，或者是精子質量有問題，或者是有沒有多囊卵巢綜合癥等。所以在下次懷孕后，一定要注意這些原因，都檢查看看。
胎停育的因素比較常見的有：生殖內分泌方面(包括黃體不足，多囊卵巢)；男方精子質量的好壞子宮和卵巢功能的問題，子宮體積大小是否有畸形等；支原體衣原體的問題；是生殖免疫的問題等。
生殖內分泌方面，因為胚胎早期發育的時候，需要三個重要的激素水平，一個是雌激素，一個是孕激素，一個是絨毛膜促性腺激素，如果母體自身的內源性激素不夠，就會造成胚胎的停育，生殖免疫的問題，如果自身有某種抗體，就會抵制胚胎的發育。
出現胚胎停育時乳房脹痛、惡心、干嘔或尿頻早孕反應會減輕或消失，其次可有陰道出血、腹部不適癥狀，但少數女性可沒有典型的癥狀。胎停育是指胚胎發育到一個階段發生了死亡而停止繼續發育的現象。
導致流產的原因很多，除了胚胎本身原因后，還有子宮環境，內分泌狀態及其他因素等，尤其是孕婦的營養均衡和心理因素都會有影響。目前已經懷孕，就要注意多休息，加強營養，遠離有污染的環境，盡量避免到人多的地方，積極做好各種產檢，保持良好的心態孕育寶寶。