生殖器官不健全或發育不良。有的人先天性無卵巢、卵巢發育不良或卵巢壞死，不能產生雌激素和孕激素，因此子宮內膜不能發生周期性的變化，也就不會出現子宮內膜脫落，所以也就沒有月經來潮。

引起閉經原因有很多，排除器質性病變，多考慮是卵巢功能低下引起的。卵巢功能出現衰退，雌激素分泌會減少，造成月經稀發、少量甚至引起閉經。對卵巢功能衰退引起的月經不調、閉經等癥狀有很好的療效。另外，出現閉經的女性一定要避免長期熬夜工作，長期熬夜會直接耗傷女性經血、損傷腎氣，影響卵巢功能，從而加重病情。

通常閉經性頭痛的病因可能是女性雌激素水平變化、前列腺素的釋放、遺傳等因素相關。
1、雌激素水平：女性雌激素水平偏低，可能會增加偏頭痛的發生率。因為雌激素可能會影響神經遞質，從而改變大腦內血管活性肽類物質含量，導致頭痛發作。
2、前列腺素的釋放：經期雌、孕激素的降低可能會使、前列腺素釋放，而過量的前列腺素可能會引起頭痛癥狀。
3、遺傳因素：部分女性因激素變化而容易引發頭痛可能是頭痛家族遺傳史導致的。

如果說女孩從出生來，從未來過月經，考慮是原發性閉經。常見的原因有性腺發育障礙，米勒管發育不全以及下丘腦功能異常等，診斷時要重視染色體核型分析。如果說月經已經初潮，但是已經連續停止3個周期以上，考慮可能是多囊卵巢綜合征，高催乳素血癥，卵巢早衰等。

引起閉經的原因有下丘腦性閉經、垂體性閉經、卵巢性閉經、子宮性及下生殖道發育異常性等。閉經是女性由受到各種因素的影響，導致女性過年齡未出現過月經或月經周期已建立后又停止的一種常見的婦科癥狀，是女性生理變化外在表現。

有生理性閉經，如懷孕期間和哺乳期間還有病理性閉經，病理性閉經是由于體內的激素水平紊亂造成的，月經不調，應該先去醫院做一下B超檢查，排除其他原因引起的兩個月不來月經，排除懷孕的可能。