之所以會出現藥流不干凈，那是因為胚胎在子宮內一般生長的比較穩定，藥流的目的是通過藥物將子宮壓縮，從而讓胚胎排出來。尤其是在懷孕時間長了的情況下更是如此。而一旦出現藥流不干凈的情況時，應當立即到醫院進行處理。

通常情況下，藥流流不干凈會有持續性流血、腹痛等反應。具體分析如下：
藥流是指用米非司酮片加米索前列醇藥物口服終止早期妊娠。藥流流不干凈，考慮最常見的反應就是持續性的流血和腹痛，有可能在流出鮮血的時候伴有一些異味，或者血的顏色為褐色，或者是黑色等表現。另外如果患者沒有及時治療，陰道流血過多，也會出現腹部的下墜感以及頭暈乏力等不適癥狀。

如果確認是沒流干凈，就必須及時進行清宮手術，如果不清宮會得嚴重的婦科炎癥，對以后生寶寶也是有很大影響。藥流會有失敗的風險，當藥流不干凈，就必須進行二次進行清宮，否則會導致宮內感染，盆腔炎，附件炎，輸卵管炎合并堵塞，不孕不育等，甚至引起大出血危險生命。建議到正規醫院做藥流，休息1-2周，避免干重體力活和冷水作業，以免身體抵抗力降低而誘發其他疾病。同時還要加強營養，多吃高蛋白及補氣血的食物，有利于術后身體的恢復。

通常情況下，藥流不干凈，不想做清宮的患者，可以按照醫囑服用促進子宮收縮的藥物，比如血府逐瘀膠囊，以促使妊娠殘留物能夠在子宮的收縮下，盡快能排出來。
患者配合治療的同時，還應注意休養，避免勞累，注意保暖，多喝熱水，多食用清淡的高蛋白食物，保持私處的清潔、干燥，作息規律，多喝熱水，促進身體恢復的同時，還能提高免疫力。

藥流流不干凈，如果不行清宮，要根據殘留物的大小來決定。如果是殘留物在1厘米以內，并且沒有出血，可以不需要清宮，如果是殘留物超過厘米，并且出血比較多，必須要清宮，如果不清宮，有可能會出現大流血或者宮腔的感染和宮腔粘連，就可能造成以后的永久性不孕癥。

藥物流產不干凈的時候會表現為出血時間比較長，正常的時間為7-10天左右，如果超過10天會造成存在長時間的出血，并且也會存在褐色分泌物和淋漓不斷的出血。因為藥物流產不干凈的時候HCG沒有辦法恢復到正常，這種時候有一部分的女性會出現有早孕反應的情況，比如惡心或者嘔吐。