胚胎本身或遺傳基因問題，精子和卵子成功結合成受精卵后著床發育，首要條件必須精子和卵子都是健康的，如果夫妻雙方或一方有生殖系統的炎癥，可能會導致精卵本身異常，這樣的胚胎是不能繼續成長的，這是自然界優勝劣汰的法則。還有，染色體非正�；�等遺傳問題，也會造成胚胎本身的變異，容易造成先兆流產。所以，夫妻雙方的身體健康，良好的生活習慣以及孕前科學檢查就顯得尤為重要。

妊娠期易在胎盤血管形成，血栓堵塞胎盤的血循環，使胚胎缺血而死亡。生殖器官發育異常，而習慣性流產，大多數是由子宮發育不全和宮頸口功能障礙造成的。如心情不好，壓力大，休息不好，染色體異常，宮寒等也有關系。

出現先兆流產的現象，可能是因為子宮出現了明顯的疾病癥狀，導致胎兒在發育的過程中越來越大，受到的擠壓也會越來越明顯。如果到了一定程度，子宮的面積已經無法擴張，就會影響胎兒發育，導致胎停或者是先兆流產的表現。

先兆流產原因：孕婦方面：包括內分泌功能失調如黃體功能不健，甲狀腺功能不足等，孕婦感染性疾病，毒性物質接觸及生殖道畸形如雙子宮，子宮肌瘤等均易導致先兆流產。胎兒方面的因素：則最突出的是受精卵的染色體異常，父體或母體生殖細胞不健全是主要原因，其他原因如臍帶供氧不足，羊水疾病，胎盤病毒感染以及某些婦科炎癥等，也會引起流產。外環境因素：不恰當的性生活尤其是在早孕早期易引起流產。

子宮畸形：如果說女性子宮畸形，比如雙角子宮，子宮發育不良等都會導致胚胎難以著床，即便著床了也會發育不良，一不小心就會出現先兆性流產癥狀。胚胎異常：胚胎異常也是導致先兆性流產的原因之一，有一些女性懷孕之后，往往會因為遺傳因素。

身感染時高熱可誘發子宮收縮引起流產，某些已知病原體感染如弓形蟲，單純皰疹，人支原體，解脲支原體，巨細胞病毒與流產有關，孕婦心力衰竭，嚴重貧血，高血壓，慢性腎炎及嚴重營養不良等缺血缺氧性疾病亦可導致流產。