主要是具有活性的子宮內(nèi)膜細(xì)胞種植在卵巢上，并且隨著卵巢周期性的變化而發(fā)生變化，比如在周期性的子宮內(nèi)膜脫落出血形成臨床月經(jīng)的時候，種植在卵巢上的子宮內(nèi)膜也會出現(xiàn)周期性的出血現(xiàn)象，天長日久，出血量會增多，并且會形成陳舊性的出血，陳舊性的出血肉眼所見類似于巧克力的樣子，所以稱為巧克力囊腫。

巧克力囊腫又稱卵巢子宮內(nèi)膜異位囊腫，是子宮內(nèi)膜異位癥的一種病變。月經(jīng)期脫落的子宮內(nèi)膜碎片，隨著經(jīng)血逆流經(jīng)過輸卵管進(jìn)入盆腔，種植在卵巢表面或盆腔其它部位，形成異位囊腫，異位的子宮內(nèi)膜也會受性激素的影響，隨同月經(jīng)周期反復(fù)脫落、出血。如果病變發(fā)生在卵巢上，每次月經(jīng)期局部都有出血，使卵巢增大，形成內(nèi)含有陳舊性積血的囊腫，這種陳舊性的血呈褐色、黏稠、漿糊狀，像巧克力一樣，所以叫巧克力囊腫。

巧克力囊腫最主要的病因是內(nèi)分泌的因素，其次，分娩多次流產(chǎn)也可引起，輸卵管堵塞，也是巧克力囊腫的病因之一，性生活過于頻繁，也是導(dǎo)致巧克力囊腫的重要原因。內(nèi)分泌因素、炎癥因素（患有盆腔炎等疾病并且出現(xiàn)了盆腔粘連的情況，沒有得到及時地治療，造成大量的積血淤積）子宮內(nèi)膜因素（脫落的子宮內(nèi)膜隨經(jīng)血逆流進(jìn)入腹腔）壓力過大等都是導(dǎo)致卵巢巧克力囊腫的誘因，治療該病一般選擇手術(shù)治療，術(shù)后配合藥物治療。

因?yàn)槎啻畏置浠蛘吡鳟a(chǎn)，容易導(dǎo)致子宮內(nèi)膜粘連，進(jìn)而引起子宮內(nèi)膜碎片排出不暢的問題，因此這些廢舊垃圾就容易堆積在宮腔內(nèi)而不能經(jīng)由陰道排出，長期這樣就有可能觸發(fā)巧克力囊腫。

巧克力囊腫是導(dǎo)致女性不孕癥發(fā)生的常見原因，也是子宮內(nèi)膜異位癥的常見的表現(xiàn)形式。由于內(nèi)膜開始在女性的卵巢進(jìn)行生長，但是在生理期的時候這一部分的內(nèi)膜并不會隨著離開自己的，而是在卵巢的位置淤積，隨著長在卵巢位置的內(nèi)膜不斷增厚，淤積的內(nèi)膜會越來越多，使得卵巢的位置出現(xiàn)了囊腫。

引起原因：內(nèi)分泌失調(diào)所致：卵巢是產(chǎn)生卵子并且排卵、內(nèi)分泌激素、平衡內(nèi)分泌的一個重要生殖器官，而左附件巧克力囊腫的問題高發(fā)于內(nèi)分泌旺盛的生育年齡。生理因素影響：巧克力囊腫是因?yàn)樵陆?jīng)期子宮壁脫落的子宮內(nèi)膜碎片而導(dǎo)致引流不暢，從而不能使碎片經(jīng)由陰道排出，而影響其從陰道流出的，有陰道閉鎖、子宮頸口狹小、子宮頸口年齡等，都是導(dǎo)致巧克力囊腫發(fā)生的原因。