巧克力囊腫的治療有兩種方式，一種是藥物控制，效果不好。另一種是手術治療，能夠達到治療的目的，但是需要選擇合適的方式治療，有些女性需要生育所以只能采取保守治療方法。

去專業正規的醫院進行檢查和治療，遵醫囑用藥。盡量吃清淡一點，要忌生冷和茶。個人的衛生習慣也很重要，內衣勤洗勤換。多用開水燙洗然后放在太陽底下暴曬。保證良好的作息，不要太晚睡覺。

巧克力囊腫晚期可以通過中醫醫治，中醫更平和，沒有副作用，平時要注意提高生活質量，減少部分的并發癥，飲食上要清淡一些，不要吃過于辛辣的食物，平時還要注意休息，保持良好的心態。

巧克力囊腫應該在中醫指導下服用中藥治療。在用藥以后需要去醫院做B超復查，如果再恢復正常，不需要進一步治療。如果用藥效果不理想，也可以去醫院做腹腔鏡的微創手術治療。

閉經后囊腫可以縮小，但不會好，停藥后又會生長。一般巧克力囊腫和來月經就有一定的關系等不來月經的巧克力囊腫慢慢會萎縮的。及時進一步檢查確診是否有可能是婦科惡性疾病的情況以便及時做出正確的處理方案。

巧克力囊腫炎性囊腫的治療方法，是要看囊腫的大小來決定怎么治療的。如果是因為巧克力囊腫導致的不孕不育，那么可以手術切除。也可以到促排卵，增加懷孕幾率，具體需要看囊腫的大小來綜合治療。