巧克力囊腫早期可能會沒有明顯癥狀，如果囊腫進一步增大，可能會有痛經，腹痛癥狀。巧克力囊腫一旦確診，建議手術治療，如果直徑較大，癥狀明顯，可以先藥物治療縮小病灶，然后再在腹腔鏡下手術治療。

卵巢巧克力囊腫的常見癥狀，性生活痛、這是卵巢巧克力囊腫最明顯的癥狀，子宮直腸窩陰道后穹隆，宮骶韌帶等部位的子宮內膜異位癥等均可發生性生活痛，而且常于月經前較為明顯；白帶異常；痛經；即使沒有避孕也不會出現懷孕的情況。

輕度巧克力囊腫又名卵巢子宮內膜異位囊腫，是子宮內膜異位癥的一種病變。常見的有痛經、下腹痛、經期發熱，痛經是子宮內膜異位最明顯的癥狀，卻是最容易忽略的先兆，常進行性加重，性交疼痛也是一個明顯的信號，可能還伴有點狀出血，卵巢巧克力囊腫的癥狀并不是十分的明顯，還會出現不孕及月經失調等癥狀。

巧克力囊腫復發時，疼痛，巧克力囊腫病患會不同程度的出現小腹疼痛，白帶異常、月經紊亂失常。不孕癥，將近一半的病患因盆腔器官的粘連，使輸卵管的蠕動受阻而造成不孕不育。痛經，夫妻性生活中還會伴有疼痛感出現。

巧克力囊腫復發時，會有疼痛感，巧克力囊腫病人會不同程度的出現小腹疼痛，白帶異常、月經紊亂失常。不孕癥，將近一半的病人因盆腔器官的粘連，使輸卵管的蠕動受阻而造成不孕不育、痛經，夫妻性生活中還會伴有疼痛感出現。

巧克力囊腫在臨床上最主要的癥狀會出現經期下腹部疼痛，并且疼痛呈逐漸加重的趨勢，表現為月經不規律、月經量的改變。臨床上還會出現反復的下腹部疼痛。由于巧克力囊腫不僅可以引起卵巢局部的變化，還可能會導致盆腔組織粘連，會引起下腹部疼痛。