巧克力囊腫的早期癥狀是痛經，且呈進行性加重，有的也可沒有癥狀，是由于不孕癥，去醫院檢查時才發現的。巧克力囊腫的癥狀主要是月經量多、痛經、腹部包塊，尤其是會出現性前時疼痛出血。

月經不調：卵巢巧克力囊腫者通常會出現月經量過多的癥狀，這是相當常見的癥狀，又不少會出現經血較多且帶勁的時間比較長的情況；痛經：痛經是巧克力囊腫的主要癥狀，一般是繼發性的癥狀但會逐年加重，但是臨床上也有少數并沒有很明顯的痛經癥狀。痛經多是從月經前就開始甚至是在周期的后半期就開始了，要持續一個月經期到月經后的數日才會結束消失，一般疼痛的部位會出現在下腹部位，或者是偏于一側；性生活痛。

發生巧克力囊腫主要的病因是內分泌的因素，其次，分娩多次流產可引起輸卵管堵塞，也是巧克力囊腫的病因之一，性生活過于頻繁，也是導致巧克力囊腫的重要原因。也可能和壓力過大等因素有關。

巧克力囊腫是由內分泌因素引起，這是常見的病因。卵巢雖小，卻是產生卵子并排卵、內分泌激素、平衡內分泌的重要，囊腫多發生于內分泌旺盛的生育年齡，所以認為與內分泌失調有關。也可能因長期久坐造成，由于長期久坐或姿勢不佳，月經前及月經期常有劇烈疼痛，導致經血逆流入輸卵管、卵巢，引起下腹痛、腰痛，尤其有厲害的經痛，此即所謂巧克力囊腫。

出現巧克力囊腫癥狀要警惕，巧克力囊腫囊壁常常很薄脆，具有一種自發破裂的傾向。破裂后，小的破口可以很快自行愈合，并與周圍組織形成粘連；如破口較大，則無法自行愈合，其濃稠的巧克力樣囊內液可流入腹腔，這種巧克力樣液體的刺激性極強，可刺激周圍的腹膜，引起劇烈的腹痛，如果處理不及時，還可能導致彌漫性腹膜炎，造成致命的后果。

女性有巧克力囊腫最典型的癥狀就是痛經。觀察一下囊腫的大小來決定治療方案。如果巧克力囊腫比較大，并且位置并不是很好，那么還是盡早的手術治療比較好一些。可發生劇烈腹痛、甚至休克，并伴惡心、嘔吐。只要確診，即立即手術切除。