會有影響。巧克力囊腫是卵巢子宮內膜異位癥，卵巢是子宮內膜異位癥比較常見的累及部位。子宮內膜異位癥的典型表現就是繼發性痛經并且漸進性加重，可以導致不孕癥，比較大的囊腫需要手術治療。

有巧克力囊腫并不意味著無法懷孕。巧克力囊腫又稱卵巢子宮內膜異位癥囊腫，是引起痛經以及不孕不育的常見因素。如果是比較小的巧克力囊腫，臨床癥狀不典型時可以先嘗試懷孕，是有幾率成功懷孕的。但是如果巧克力囊腫比較大，或者引起明顯的痛經癥狀時，建議應該先進行手術治療，同時在術后使用藥物才能夠提高術后的受孕概率。

如果已經懷孕了，密切關注孕酮變化及巧囊大小變化；妊娠也是對巧囊的一種治療和控制。巧克力卵巢囊腫治療方法主要采用藥物和手術治療。藥物治療包括：假孕療法，假絕經療法等，但只能緩解癥狀控制發展，停藥后，即復發，故對卵巢巧克力囊腫多主張手術治療，手術治療包括腹腔鏡手術和開腹手術，可行囊腫剝離術加卵巢成形術，不需要生育的，行半保守手術，即全子宮切除加患側附件切除術。

巧克力囊腫術后是能懷孕，所以不要擔心，需要看一下平時的月經情況的，懷孕前需要全面體檢看一下，注意看看經期的情況是否規律或者預防囊腫反復的情況，巧克力囊腫，屬于子宮內膜異位癥的一種臨床表現。因為妊娠可使子宮內膜停止生長，所以巧克力囊腫術后應盡早妊娠可以提高受孕幾率。

巧克力囊腫是子宮內膜異位癥的一種病理表現形式，即子宮內膜正常應該在宮腔內，但是有一部分內膜異位到卵巢，所以巧克力囊腫里面都是血液，子宮內膜異位不容易懷孕，囊腫小可以行中醫治療，囊腫大建議行西醫治療。

巧克力囊腫主要是平時痛經和月經量增多的情況引起的，也是會影響懷孕的，囊腫比較大的，也是需要手術來治療的。如果打算要孩子可以安排在排卵期同房，可以增加懷孕的幾率。