病毒性腦炎常見的后遺癥就是癲癇。這種后遺癥的表現多為意識模糊，植物神經紊亂或精神出現功能性障礙。病人會出現突然的意識喪失四肢抽搐，或口吐白沫等現象。病毒性腦炎早期的治療很關鍵。發現有病毒性，腦炎后要及早的進行治療，減少留下后遺癥的風險。

經過及時治療，病毒性腦炎通常不會有后遺癥。
大部分的病毒性腦炎，如果能夠及早發現，及早治療，通常都能收到良好的療效。此外，還需要及時的做腰椎穿刺，尤其是少量的腦積液，用有針對性的抗生素或抗病毒藥物進行治療，一般不會留下任何的后遺癥。但如果治療不及時，或采用了錯誤的治療方法，則可能有后遺癥，如失語、言語障礙、癱瘓、吞咽困難、癲癇等神經系統損害。

病毒性腦炎后遺癥不能恢復，具體分析如下：
后遺癥是指在發病1年后仍然存在一些癥狀和體征，沒有特殊的治療措施，需要進行功能訓練，康復訓練，對癥治療。癲癇發作是腦炎的主要并發癥，也可能是一些精神癥狀，也可能是一側肢體感覺障礙，運動功能不正常，嚴重的還會出現昏迷。癲癇發作時，若只發生一次，無需特別處理。如果有兩次或更多的發作，則要常規使用抗癲癇藥物。

一般情況下，嬰兒病毒性腦炎是否有后遺癥，需要根據嬰兒的病毒性腦炎病情的輕重程度來判斷。
如果嬰兒是輕微的病毒性腦炎，及時給孩子進行抗病毒治療，預防并發癥的發生，多數情況下是能夠痊愈的，一般情況下不會遺留后遺癥。如果孩子病毒性腦炎的癥狀比較嚴重，伴有神經功能的損傷，可能會遺留肢體障礙、語言障礙或者是智力障礙等，需要盡早的給孩子進行康復性訓練。

病毒性腦炎主要病毒感染引起的病毒侵犯了腦部神經，只要接受正規合理的治療，是不會留下什么后遺癥的，如果病情比較重，就會有分泌抽搐的現象，就算經過正規的治療也會有后遺癥，就像說話不清楚，運動障礙，肢體癱瘓等。

成人得病毒性腦炎愈后會有后遺癥。腦炎的后遺癥最多見的就是智能低下，病人有病以后綜合智力下降。再就是病人會有癲癇的發作，腦炎后的癲癇可以持續很多年，而且難以控制。另外，腦炎后遺癥還有的會引起肢體的運動障礙、走路不穩等這一類的狀況。所以腦炎如果不及時治療會留下后遺癥。但是，腦炎發現及時，治療特別合理療效非常好，也可以完全沒有后遺癥發生。