自閉癥可能是由生理因素形成，如神經機能發展，生化機能發展，遺傳因素或腦部受損所致。婦女懷孕期間可能因德國麻疹或風疹，使胎兒的腦部發育受損而導致自閉癥。新陳代謝疾病亦會造成腦細胞功能失調，影響腦神經傳遞信息的功能，因而造成自閉癥。還有，在懷孕期間窘迫性流產等因素而造成嬰兒大腦發育不全，早產，難產，新生兒腦部受傷，以及在嬰兒期患上腦炎，腦膜炎等疾病造成腦部傷害，都可能會增加罹患自閉癥的機會。
一般情況下，小孩自閉癥指的是小兒自閉癥，其原因尚不清楚。可能與基因、神經系統等有關，具體分析如下：
1、基因：常染色體顯著性基因也是導致其發生的原因之一。此外，一些自閉癥兒童還出現了一些染色體不正常的情況，其主要特征是：染色體斷裂。
2、神經系統：，一些兒童自閉癥患者的大腦和大腦的生理和心理都發生了變化；
3、孩子媽媽懷孕時有可能受到某些疾病的影響。
目前，自閉癥被認為是一種由各種生理原因造成的普遍的發展失調所造成的一種不正常的表現。
孤獨癥通常發生在兒童中，其誘發要素與通常遺傳、分娩期、免疫、環境等要素有關，特別是與環境要素的影響以及兒童童年的成長經驗有關。孩子引起自閉癥，是因為小時候的不幸經驗，或者受到了這種類型的傷害。教育和訓練是治療自閉癥的方法，問題很嚴重，但是可以改善。
一般情況下，兒童自閉癥的原因，90%是基因導致的，10%是環境的原因。具體分析如下：
兒童自閉癥與孕婦的妊娠年齡35周歲以上、出生時的阿氏評分、出生體重低、出生時有窒息、等因素有關。其次是缺少一種心理學的知識，即能夠觀察到自己和別人的心態（需求，信仰，愿望，意圖，情緒，知識，感知），通常孩子4歲就會有心理學的知識，而自閉癥兒童則有很大的缺陷。
有自閉癥可以心理治療：心理輔導在自閉癥的治療中是極其重要的，要注意幫降低自卑和孤僻心理，增強本病的信心和愿望；嚴禁打罵患兒，避免責備埋怨，積極鼓勵和談心溝通是較有效的方法。藥物治療：西藥雖然見效快，但副作用大，很容易使孩子導致營養不良而影響骨骼的發育，停藥后可能導致復發，長期服，會使對藥物產生依賴。而中藥則見效慢，治療周期長，并且藥物口感不好會導致孩子難以配合治療。