新生兒發燒39度，如果不積極治療，是會引起腦炎的。如果高燒不退，可能會有微生物侵入到人體內。尤其是侵入到了腦膜實質，如果不及時處理，會造成腦膜炎等并發癥。因此，如果高燒不退，應該盡快去醫院進行輸液治療，以免造成不良后果。可以進行物理降熱法進行降熱，這樣可以有效的緩解病情的發生。

新生兒化膿性腦膜炎是指由化膿性細菌引起的腦膜炎，是新生兒常見的危及生命的疾病，該病常是敗血癥的一部分，或繼發于敗血癥，約四分之一的新生兒并發敗血癥。如果及時診斷并正確治療，新生兒化膿性腦膜炎可以完全治。

指導意見：你好，這容易引起的，最好及時血常規檢查，腦電圖檢查看看的，根據孩子的情況需要結合臨床醫生進一步檢查看看，最好結合醫生抗生素治療。