小兒慢性腸炎的發病率很高，一般是因為病毒感染而導致的，一般情況下，小兒慢性腸炎的治療主要根據病毒和非侵入性細菌來判斷。
臨床表現出明顯的中毒癥狀，尤其是新生兒、嬰幼兒、重癥患兒可選用抗生素。抗生素不能治療由病毒引起的腸炎。治療由寄生蟲引起的腸炎需要服用一些抗寄生蟲的藥物。可以適當選擇胃腸粘膜保護劑和微生態治療。
寶寶慢性腸炎可以用抗生素，配合益生菌，胃腸粘膜保護藥物治療。是由于微生物感染而導致小腸及結腸的炎癥。臨床表現為腹痛、腹瀉等。這期間要注意多喝水，多吃新鮮的蔬菜和水果。
慢性腸炎是有由細菌、病毒或者寄生蟲引起的胃腸道疾病。治療慢性腸炎時需根據細菌藥物敏感實驗結果選用合適的抗菌藥物。還有就是需要補充足夠的液體以及糾正電解質和酸中毒。建議在日常生活中要有良好的用餐習慣，不吃變質和不干凈的食物。養成餐前便后洗手的習慣。
小孩慢性腸炎是臨床常見的癥狀之一，很多都有腹脹，大便次數增多等癥狀。治療上可以口服藥物改善腹瀉、腹痛癥狀，也可以口服中藥來進行治療。同時注意飲食，不要飲酒和進食辛辣刺激的、生冷的食物。
注意寶寶多休息和飲食搭配，注意飲食搭配，一般可以用藥物治療，查清是哪種類型的腸炎對癥治療。如果病情嚴重的話，應該去醫院進行檢查，然后再做進一步治療，以免耽誤病情。