嬰兒灌腸的好處是能夠保證藥物的使用時間，用藥周期和藥物劑量的準確。不受飲食哭鬧等因素的影響，也沒有像輸液后的各種不確定因素影響。缺點是必須上醫院，有專業人員操作。另外在操作過程中或者是操作不當，肛管容易造成腸道粘膜破損。長時間反復的操作，容易造成肛門失禁。

孩子觀察好處就是沒有明顯的痛苦，用藥后吸收也比較快，但是壞處也有的，很可能會導致梗阻或者胃腸道不適的情況，所以應該根據孩子具體的情況來制定合理的治療方式即可，多休息。

好處能夠在短時間內將糞便排除干凈，是一種比較好的通便方法，短時并間斷進行灌腸，對身體健康影響不大，副作用也少，壞處直腸粘膜的褶皺較少且無絨毛，液體容量和吸收面積都比較小，因此對藥物的吸收比較緩慢，藥量能夠進入血液循環的也是十分有限的。

灌腸用藥可以避免口服，對于一些孩子抗拒用藥，或者藥物本身非常苦的情況下，灌腸可以讓孩子能得到有效的藥物治療。灌腸的方法退熱效果不確切，藥物吸收率也不精確。同時，灌腸的時候會給孩子帶來一些不舒服的感覺，而且有可能會刺激寶寶肛門和直腸，引起大便，導致灌腸以后藥物很快排出。

一般灌腸治療是把液體和藥物通過肛門注入腸管來達到清潔和治療目的。如果孩子不配合，灌腸的好處能夠避免打針吃藥能起到藥物退燒和治療作用，但是壞處是灌腸時不小心可能導致腸穿孔和出血等腸壁受傷，因為小孩的腸壁比較薄。

灌腸可以局部用藥，對全身的影響比較小，灌腸可以直接作用于消化道，對于孩子便秘、腸炎等引起的消化道問題，具有明顯的改善、治療作用。但是嬰兒灌腸也有一定的壞處，如果灌腸操作不當，尤其是灌腸壓力過大，會導致孩子出現腸穿孔。會導致腸道菌群的紊亂，因為灌腸的藥物會干擾孩子的正常腸道菌群，從而引起腸道菌群的紊亂，孩子會出現便秘、腹瀉等其他的消化道癥狀。