寶寶灌腸的主要目的是用來通便排氣，所以寶寶灌腸的好處主要就是能夠有效的治療便秘，給孩子灌腸的時候都會出現一定的疼痛，并且溶液會破壞寶寶腸道當中的一些正常菌群，會破壞腸道的黏膜，會使孩子腸道內的環境發生改變。

灌腸是把液體和藥物通過肛門注入腸管來達到清潔和治愈的目的。如果不配合，灌腸的好處能夠避免打針吃藥能起到藥物退燒作用，但是壞處是灌腸時不小心可能導致腸穿孔和出血等腸壁受傷，因為腸壁比較薄，出現以上的狀況可能比較大，而且用激素抗生素，藥物等劑量不好掌握，容易增加過敏和藥物耐受，嚴重時會導致結腸炎或者腸道菌群發生改變，腸道感染。

好處能夠在短時間內將糞便排除干凈，是一種比較好的通便方法，短時并間斷進行灌腸，對身體健康影響不大，副作用也少，壞處直腸粘膜的褶皺較少且無絨毛，液體容量和吸收面積都比較小，因此對藥物的吸收比較緩慢，藥量能夠進入血液循環的也是十分有限的。

一般灌腸治療是把液體和藥物通過肛門注入腸管來達到清潔和治療目的。如果孩子不配合，灌腸的好處能夠避免打針吃藥能起到藥物退燒和治療作用，但是壞處是灌腸時不小心可能導致腸穿孔和出血等腸壁受傷，因為小孩的腸壁比較薄。

考慮跟支原體、病毒這些感染有關系的，灌腸是通過腸道粘膜吸收的，輸液是直接靜脈輸入，吸收更好，從吸收來說還是輸液比較好，但是灌腸對人體傷害較小如果不嚴重的可以使用灌腸、口服藥物治療，如果這些效果不行，再考慮輸液治療比較好，使用抗感染、止咳這些藥物治療。

灌腸用藥可以避免口服，對于一些孩子抗拒用藥，或者藥物本身非常苦的情況下，灌腸可以讓孩子能得到有效的藥物治療。灌腸的方法退熱效果不確切，藥物吸收率也不精確。同時，灌腸的時候會給孩子帶來一些不舒服的感覺，而且有可能會刺激寶寶肛門和直腸，引起大便，導致灌腸以后藥物很快排出。