小兒在腹瀉時多少都伴有腸道菌群的紊亂，可服用一些腸道微生態制劑，或腸黏膜保護劑。腸道微生態制劑和腸黏膜保護劑可以幫助縮短腹瀉病程，效果良好。嬰兒腹瀉治療方法具體還要看孩子的病情。病癥重則需要去醫院就醫。

兒童腹瀉應該做糞便常規檢查、血清學檢、免疫球蛋白測定等檢查。
需進行糞便的細菌培養及病毒的檢測。診斷是否存在腸道感染。可通過X光線，檢查腸粘膜是否有損傷，病變的部位，腸壁是否有增厚；診斷腸息肉、腸腫瘤等疾病，可幫助判斷外科手術的范圍和手術方式。對腸道中的細菌進行檢測，以了解疾病的種類，對疾病的診斷和治療效果有很大的幫助。能在輪狀病毒感染的診斷中起到一定作用。在鑒定細菌的類型、尤其是鑒定痢疾桿菌、大腸埃希氏菌等有一定幫助。另外，細菌的培養也可幫助我們了解腸道感染的病原體是否會對藥產生過敏反應最后，可測定血清中的免疫球蛋白A、IgG、補體C3、C4含量，從而全面了解兒童腹瀉病因，以便對癥用藥。

寶寶腹瀉具體怎么治療要結合寶寶大便的性狀、大便的次數、大便量的多少，以及有沒有其他異常表現而定。同時讓寶寶適當的多飲水，避免寶寶脫水，并注意讓寶寶盡量易消化飲食及加強腹部護理，避免腹部受涼，以免加重腹瀉。

飲食不當是造成嬰兒腹瀉的主要原因，預防腹瀉首先要合理安排寶寶的飲食。牛奶的溫度、濃度要合適。添加輔助食物應遵循從簡單到復雜，從少到多，循序漸進的原則。每添加一種輔食，都要觀察一段時間，再更換或增加另一-種食物，讓寶寶的消化能力慢慢適應。喝太多果汁或含糖飲料也可能會使寶寶肚子不舒服，大便變稀。

小兒治療腹瀉可以服用益生菌，如合生元、媽咪愛，可以改善腸道微生態，也可以服用中藥幫助健脾胃。
不能給孩子濫用抗菌藥，細菌導致的腹瀉才能用抗菌藥物，不要濫用收斂止瀉的藥物，急性期不能用，嚴重腹瀉、嘔吐導致脫水、酸中毒，若不及時處理容易有嚴重的后果，情況嚴重時要及時到醫院治療。久治不愈的腹瀉導致食欲減少，可以煮胡蘿卜湯給孩子喝，可以有效緩解腹瀉。

虛寒腹瀉通常仍可用藥，經常使用的藥是媽咪愛，培匪康也有麗珠腸樂之類的口服。還可以使用蒙石脫散、乳酸菌素片、乳酸菌素顆粒、腸炎寧片等，可以緩解身體不適。
小兒腹瀉按其病因分為感染性與非感染性2類，它是一種以腹瀉為主要表現的多因素、多病原所致的臨床綜合征，平時應注意保暖以免感冒。用藥期間患者應該注意休息，規律作息，避免熬夜，并且注意保暖，避免著涼，避免吃辛辣、刺激的火鍋、冰淇淋等食物，以免影響藥效。