病毒性腦炎恢復的周期在1-3個月的時間，現在頭疼可能是一個恢復后期的表現。現在要到專業的兒童醫院，必要時可以選擇腦脊液的穿刺檢查，這樣才能做出一個明確的判斷。一般并不會有明顯的疼痛現象。

病毒性腦炎頭疼表現的部位是不一樣的，也不是確定的某個區域。病毒性腦炎由各類病毒引起，由于病毒毒性、侵犯腦內部位不同，引發的癥狀也不同。病毒性腦炎主要癥狀為精神行為異常，可引起肢體無力，頭痛，嘔吐，甚至偏癱。

首先要排除有病毒感染造成的后遺癥的情況。去醫院檢查一下血象或者是腦部的多普勒，根據檢查結果再考慮針對性用藥。這幾天可以多喝水，加速藥物從體內代謝，同時多注意休息。

病毒性腦炎，是因為頭內部發生炎癥從而導致頭疼，所以會有長時間的頭痛現象，往往伴隨著消炎的過程，頭痛癥狀減輕。如果孩子腦炎發作，因為孩子的免疫力還是太脆弱，所以要及時進行治療，避免其他惡化的癥狀發生。

通常情況下，兒童腦炎好了頭疼可能是腦炎的后遺癥。具體情況分析如下：
腦炎是大腦實質的急性炎癥，一般會出現發熱、惡心、嘔吐、意識模糊、頭疼等癥狀，如果兒童之前的病情較為嚴重，或者未及時進行治療，可能會出現兒童腦炎好了頭疼的情況，家長可以按照醫囑給兒童使用安宮牛黃丸、清熱醒腦靈丸、安腦丸等藥物進行治療。家長還可以按摩兒童的頭部，緩解兒童的頭疼。

兒童出現發熱后出現頭痛，伴有嘔吐癥狀，這可能與小兒病毒性腦炎有關。小兒病毒性腦炎是兒科比較常見的由病毒引起的中樞神經系統感染性疾病，病情輕重不等，危重者呈急進性過程，可導致死亡及后遺癥。主要是對癥治療，如降溫、止驚、降低顱內壓、改善腦微循環、搶救呼吸和循環衰竭。